Ja, kein Thema, bin grad online.
Sie müssen auf die Differenz (in Ihrem Beispiel 2.000 €) Steuern zahlen. Dieser Freibetrag wird vom Finanzamt automatisch berücksichtigt, da er für jeden gilt.
Es gibt hier natürlich noch eine ganze Menge mehr, z.B. können Sie Werbungskosten ansetzen, was sich lohnt, wenn Sie mehr als 1.000 € aufgewendet haben, um Ihre Arbeit ausführen zu können.
Dazu gibt es noch Angaben von Sonderausgaben und außergewöhnlichen Belastungen (z.B. Versicherungen, hohe Arztrechnungen), aber dies lässt sich über Internet nicht bewerten.
Wenn Sie wissenschaftlich tätig sind und unabhängig von Ihrem Angestelltengehalt Einkünfte erzielen, sind das vermutlich Einkünfte aus selbständiger Arbeit. Hier können Sie Ausgaben abziehen, die Sie bestimmt hatten und die im Zusammenhang mit diesen Patentanmeldungen und der Forschung standen.
Hier würde ich Ihnen aber definitiv ein Beratungsgespräch mit einem Steuerberater empfehlen.
Der Freibetrag gilt für alles Einkommen.