Ein wenig veränderte Lösung (aber ähnlich)
Moin Micha,
die Lösung von Gerrit wäre mir so ungefähr auch eingefallen. Sie setzt allerdings (wie auch meine andere Variante, s.u.) voraus, dass die Liste vorher sortiert wurde, und zwar erst nach ID und dann nach Datum. Dein folgendes Beispiel würde also funktionieren:
Nr | ID | Datum
1 | 987 | 01.06.2006
| 987 | 04.06.2006
2 | 953 | 03.05.2006
3 | 992 | 30.07.2006
| 992 | 17.08.2006
| 992 | 24.09.2006
Meine Variante hätte vielleicht einen Vorteil, weil sie ohne Hilfsspalten auskommt. Dafür ist die Formel vielleicht etwas komplexer:
=WENN(ZÄHLENWENN(B$2:B2;B3)=0;MAX(A$2:A2)+1;"-")
Diese Formel steht in Zelle A3 und muss von da aus runtergezogen werden. Voraussetzung ist, dass die Überschrift „Nr“ (vgl. unten) in Zelle A2 steht. Sonst müssen die Bezüge in der Formel eben entsprechend angepasst werden. Hier das Beispiel:
Nr ID Datum
1 987 01.06.2006
- 987 04.06.2006
2 953 03.05.2006
3 992 30.07.2006
- 992 17.08.2006
- 992 24.09.2006
- 987 01.07.2006
- 987 01.08.2006
- 953 03.06.2006
Was passiert hier? Die Formel schaut nach, ob in den Zeilen darüber schon einmal die aktuelle ID auftaucht. Ist das der Fall, handelt es sich um eine Wiederholung, und es wird ein „-“ ausgegeben (besser als „“, weil man dann nicht mehr erkennt, dass das eine Formel in der Zelle steht). Sollte aber die ID noch nicht aufgetreten sein (Zählergebnis ist 0), wird nach der höchsten bisher vergebenen laufenden Nummer geguckt (Max) und einfach die nächst höhere (+1) ausgegeben.
Das „bisher“ ist hier wichtig und hängt an dem ominösen Dollarzeichen in der Formel. Das hält nämlich beim Aufziehen der Bereiche für ZÄHLENWENN() und MAX() die Startzeile fest. Es wird also immer von ganz oben (hier Zeile 2, also Überschriftszeile) bis zur aktuellen Zeile gezählt bzw. verglichen. Wenn das unklar ist, bitte nochmal in der Excel-Hilfe unter den Stichwort „relative Bezüge“ gucken. Da ist das ganz gut erklärt.
Achso, ein Vorteil noch, der aus der obigen Liste hervorgeht (ich habe ein paar IDs unten nochmal aufgeführt): Die Liste muss nur noch nach dem Datum sortiert sein und nicht mehr nach den IDs. Die Sortierung nach dem Datum ist auch nur deshalb wichtig, damit wirkich die erste Rechnung die laufende Nummer bekommt und nicht die, die zufällig ganz oben in der Liste steht. Die Formel versieht nämlich immer den ersten Fund mit einer Nummer.
Nachdem die Formel runtergezogen (nach unten ausgefüllt) wurde, würde ich alle Ergebnisse markieren und als Werte wieder an die gleiche Stelle zurückkopieren, falls die Ergebnisse fixiert werden sollen. Aber vorher eine Sicherheitskopie von der Formel anfertigen, damit sie beim nächsten Mal nicht nochmal getippt werden muss 
Alternativ kann man auch die erste Formel so lassen und erst darunter alles in reine Werte umwandeln. Dann hat man sie noch dastehen.
Kristian