Bleibt da die Qualität gleich?
AVI an sich ist nur ein Containerformat, das Audio. und Videoströme ineinander verschachtelt aufbewahrt. Daher auch der Name, AVI steht für Audio Video Interleave:
http://en.wikipedia.org/wiki/AVI
Dementsprechend hängt das Resultat in jedem Fall davon ab, mit welchem Codec Audio und Video komprimiert worden sind. Wenn das ein normaler MPEG-Codec der selben Version wie das Zielformat war, gibt es keinerlei Verluste. Das funktioniert z.B. beim Konvertieren von XviD oder DivX in MPEG4, weil die beiden prinzipiell nur Implementierungen dieses Formats sind. Wenn in der AVI allerdings ein anderes Format steckt, wie z.B. Real, Sorenson oder VC-1, dann muss das Video umkomprimiert werden, weil diese Formate entweder vollständig anders aufgebaut sind als MPEG oder aber Techniken verwenden, die in "normalem" MPEG nicht mehr vorkommen.
Das selbe gilt für Audio, allerdings sind da bei entsprechend hochwertigem Quellmaterial die Verluste weitaus weniger auffällig als beim Video.
Theoretisch könntest du eine geeignete AVI-Datei z.B. per mplayer in getrennte Audio- und Videoströme dumpen und dann einfach mit einem geeigeten Multiplexer zu einem anderen Containerformat zusammensetzen.