wenn es sich bei der anderen Anwendung um Office-Anwendungen (wie halt eben Excel) handelt, solltest Du vielleicht einen anderen Weg gehen, um die Anwendung zu starten. Dann kannst Du sie auch einfacher wieder beenden. Ich mach Dir ein Beispiel:
Public Sub Makro1()
Dim xlApp As Excel.Application
Set xlApp = CreateObject("excel.application")
With xlApp
.Visible = True 'macht die Sitzung sichtbar
.Workbooks.Open "C:\Temp\Beispiel.xls" 'öffnet eine Datei
With .ActiveWorkbook
'mach irgendwas, hier kommt Dein Code rein...
.Save 'speichert die Datei
End With
.Quit 'beendet die Sitzung wieder
End With
Set xlApp = Nothing
End Sub