Hi Marcus!
So ein Zufall! Ich habe seit gestern ein sehr ähnliches Problem wie Du (denselben Scanner, fast dieselbe SCSI-Karte AHA-2940 Ultra/UltraW v1.34.3, Win98SE).
Allerdings bin ich schon im Windows, das mir aber eine Schreibschutzverletzung beim Scannen reinhaut. (Wenn ich nur jetzt schon etwas mehr von Hardware verstehen würde…!)
hab vom Sperrmüll einen uralten Microtek Scanmaker II, den ich
Uralt? Hmm. Funktionstüchtig und leistungsfähig kann das Gerät aber trotzdem sein. Hardware wie Drucker, Scanner und Monitore wechselt man ja nicht wie Windows-Versionen.
über ein passendes Kabel an einen Adaptec 2940UW (BIOS Version
1.25) angeschlossen habe.
Gut, bei mir ist’s die BIOS-Version 1.34.3 und auf dem ScanMaker II die Firmware-Chip-Version 5.61. Ich zitiere einmal aus der TROUBLE.TXT (Hilfe) zum Microtek-ScanWizard:
...Anwender mit einem Microtek ScanMaker-II / II-XE-Scanner
müssen über Firmware-Chip Version 5.07 (oder höher) verfügen.
Sowohl Scanner als auch SCSI-Karte
sind terminiert. Beim Hochfahren erkennt der Adaptec den
Scanner als Microtek etc., der auf ID5 eingestellt ist.
Der Rechner bleibt jedoch dann beim Win98-Bild hängen. Den
gleichen Effekt hatte ich an einem anderen Rechner mit einem
Adaptec 2940 (kein UW), der noch mehrere SCSI-Laufwerke intern
angeschlossen hat.
Ich bin mir da noch nicht sicher… habe ja den Rechner fast permanent im Einsatz und kann ihn da nicht offen zum Basteln rumstehen haben… aber in „ASPI.TXT“ (ASPI-SCSI-Karten) las ich:
...Sie können hierzu die Steckbrücke von IRQ 10 (Werkseinstellung)
auf 9, 11 oder 12 setzen, um den jeweiligen IRQ-Kanal auszuwählen...
Ich gehe mal davon aus, dass ein Jumper auf der Karte gesetzt werden muss, entsprechend einem freien IRQ unter Windows…
Habe jeweils alle Konfigurationen (aktive, passive oder keine
Terminierung des Scanners, Adaptec mit / ohne Terminierung)
ausprobiert. Auch den Scanner erst aus lassen und dann bei
laufendem Win 98 anschalten und im Gerätemanager aktualisieren
klappt nicht (hängt).
Weiss einer Hilfe?
…dazu müsstest Du also erst mal unter Windows nachsehen, wie die IRQs und I/O-Adressen belegt sind, um anschliessend die SCSI-Karte korrekt zu jumpern. Vielleicht hilft’s?! – In jedem Falle werde ich das bei Gelegenheit am Wochenende auch noch mal machen. 
CU DannyFox64
PS: Lass mich mal wissen, wie Du die Sache löst oder lösen konntest.