Hallo!
Weiß einer, in welchen Größenordnungen einzelne cDNAs in cDNA Mices vorkommen? Die Frage ist natürlich SEHR schwammig. Ich frage mich nur, wieviele Kopien der richtigen Matrix einer cDNA in einem PCR Ansatz etwa sind, wenn ich eine bestimmte Menge cDNA im PCR-Cup einsetze. Ich wollte das halt mit einem genomischen Ansatz vergleichen, bei dem die Matrixmenge natürlich leicht zu errechnen ist.
Bei einer PCR mit genomischer DNA (500ng) (auf ein kurzes Gen) hab ich etwa 160.000 Matrizen eingesetzt.
Wie ist das ETWA, wenn man 125ng cDNA einsetzt. Hat man da dann eher so 500 Matrizen oder eher so 500.000 bei einem halbwegs normalen Transkriptionslevel?
VG, Stefan
Hallo!
Hier sind einige Daten:
http://www.medizin.uni-tuebingen.de/virologie/exp_vi…
Danach kannst Du Dir ausrechnen:
Eine (durchschnittliche, humane) Zelle enthält 10-30 pg RNA,
davon sind 1-5% mRNA (also 0.1-1.5 pg)
mit einer durchschn. Transkipt-Länge von 1900 nt.
Ein nt wiegt im Mittel 330 g/mol
Ein durchschn. Transkript wiegt demnach 1900x330 g/mol
0.1 pg entsprechen 0.1x10^-12 x 1/(1900x330) x 6.022x10^23 = 1x10^5
1.5 pg entsprechen 1.5x10^-12 x 1/(1900x330) x 6.022x10^23 = 2x10^6
also zwischen 10^5 und 2x10^6 Transkripten, insgesamt.
Geht man davon aus, dass im Mittel etwa 15000 Gene aktiv sind, kommen durchschnittlich 7 - 130 Transkripte eines Gens in der Zelle vor.
Das ist alles immer mit Ober- und Untergrenze angegeben. Ein Mittelwert über diese Grenzen macht keinen Sinn, weil die Verteilungen allesamt (rechts-)schief sind. Es gibt Transkripte mit mehr als 10^6 Kopien pro Zelle (siehe zB. Drüsenzellen und RNA für das zu sezernierende Produkt)!
Aktin ist relativ gleichmäßg exprimiert. Hier geht man grob von etwa 100 Transkripten pro Zelle aus - mehr oder weniger unabhängig vom Zelltyp.
LG
Jochen