Wenn ich es richtig verstanden habe, dann läuft es wie folgt:
Eine Rechnung eines im Ausland (EU) ansässigen Unternehmens wird mit dem dort üblichen MwSt-Betrag belastet (z.B. 100 Euro + 5%MwSt = 105 Euro).
Der deutsche Unternehmer zahlt diese 5% zunächst, kann sie beim Finanzamt geltend machen (bekommt die 5 EUro wieder) und zahlt dann aber doch den vollen deutschen Satz (19%) und schuldet dem Finanzamt erst mal 19 Euro. Oder es wird in einem Zug verrechnet und er zahlt zusätzlich zu den 105 Euro an den Unternehmer gleich 14 Euro ans deutsche Finanzamt.
Damit die Profis hier die Frage beantworten können, solltest Du mal ungefähr beschreiben, was in Deinem Beispiel für diese Rechnung geliefert wurde, bzw. (falls Dienstleistung), wo es getan wurde.
Ausländische MwSt (USt) kann man nur beim Finanzamt im jeweiligen Land geltend machen. Hierbei gibt es aber Mindestbeträge (meist 25 Euro/Jahr oder 250 Euro/Quartal).