Hallo Trine!
Es ist zwar schon „heute Abend“, aber vielleicht interessieren sich die anderen ja auch für die Ursache 
Erstmal, was hat der Tierarzt denn gesagt?
Mir fällt dazu das Sekret der Perinealdrüsen ein. Alle Meerschweinchen haben diese Drüsen in Taschen links und rechts vom After. Man sieht sie nicht, kann aber in die Taschen gucken, wenn man die Haut vorsichtig beiseite zieht (ist etwas blöd zu beschreiben).
Bei erwachsenen, unkastrierten Böcken sollte man die Tasche regelmässig kontrollieren. Die Drüsen produzieren ein ziemlich übel stinkendes, fettiges Sekret. Zusätzlich sammeln sich in den Taschen oft kleinere Sägespäne oder Heuhälmchen. Das Ganze kann zu richtig grossen dicken Klumpen zusammenpappen (kleine Walnussgrössse, geschätzt). Man kann es vorsichtig mit einem Wattestäbchen entfernen.
Das Problem ist, dass die Schweinchen selbst sich dort nicht säubern können, also auf menschliche Hilfe angewiesen sind.
Ich kann nur jedem Böckchenhalter dazu raten, mindestens einmal wöchentlich zu gucken, was sich alles gesammelt hat, und dann vorsichtig zu reinigen. Man staunt, was da alles zutage kommt! Und es stinkt übel 
Reinigt man nicht, kann es zu Entzündungen kommen, zum einen, weil sich die Taschen immer mehr füllen, zum anderen, weil Fremdkörper reinpieksen könnten.
Ich vermute, dass bei Deinem Schweinchen der Inhalt der Taschen von alleine rausgekommen ist. Farblich ist er zwar normalerweise so beige-gelblich, aber evt. hat sich schon was entzündet oder es hat sich mit normalen Kot vermischt o.ä.
Als ich ihn hochhob, kam wieder ein ganz normales Köttelchen
zufällig raus. Mir fiel aber auf, das die Umgebung um seinen
Genitalbereich irgendwie geschwollen aussieht, also wie eine
dicke Beule und zwar auch bauchwärts.
Das kann für gefüllte Taschen sprechen, für ne Entzündung evt. im Penisbereich (wenn der eingezogen ist, geht er ja ein Stück Richtung Bauch hoch), oder es ist Dir einfach heute mehr aufgefallen 
Meine Böcke sehen je nach „Purr-Intensität“ im Genitalbereich recht unterschiedlich aus. Wenn die sich gegenseitig anmachen, dann sind die Hoden deutlich zu sehen und der ganze Bereich tritt vor. Der eher unterdrückte Bock sieht dagegen „normal“ aus.
Noch eine Anmerkung zum Trennen nach Stress in der Gruppe…ich habe die Erfahrung gemacht, dass man eine einmal getrennte Bockgruppe nicht wieder zusammenbekommt. Sprich, wenn einer raus muss, dann endgültig.
Das hat bei mir dazu geführt, dass ich jetzt zwei Gruppen habe. Die haben sich immer wieder mal in die Haare bekommen in der Pubertät, und daraufhin habe ich in zwei Gruppen mit harmonisierenden Tieren getrennt. Das geht bei zwei Schweinchen natürlich schlecht
Den Chef meiner Pubigruppe habe ich damals übrigens kastrieren lassen und zu meinen Mädels gesteckt, die sowieso ohne Kerl dastanden.
Mein Rat wäre, lass die Tiere zusammen, ausser sie beissen sich blutig oder einer frisst nicht mehr vor Stress. Durch das Trennen, auch wenn sie sich beschnuppern können, nimmst Du ihnen die Möglichkeit, ihre soziale Ordnung ein für alle Mal zu klären. Sie müssen sich nach jeder Trennung aufs Neue zusammenfinden und eben auch zusammenraufen. Das macht wesentlich mehr Stress, als wenn sie sich einmal richtig begeifern und dann geklärt ist, wer Chef ist und wer „Unterschwein“.
Meine haben sich immer wieder mal in der Wolle, wenn einer der unteren meint, er könnte dem Chef die Rolle madig machen. Dann geht die wilde Hatz los, ganz selten gibts auch mal einen kleinen Ratscher im Fell, aber dann haben sies und es herrscht Ruhe.
Meine Schweinchen haben allerdings auch mehr Platz zur Verfügung als die handelsüblichen Käfige ihn bieten. Gerade Böckchen müssen sich auch mal aus dem Weg gehen können.
Bei mir sinds übrigens drei Gruppen: 5 Böcke, 2 Böcke, 5 Mädels plus Kastrat. Alle in einem Raum. Die Gruppen sind absolut stabil.
Das einzige, wovor mir graut, ist, wenn in der grossen Bockgruppe der Chef mal nicht mehr ist, oder wenn aus der Zweiergruppe einer stirbt. Aber wir haben uns genug Platz freigehalten, um zur Not umzugruppieren.
Aber das nur nebenbei, darum gings bei Dir ja eigentlich nicht
Liebe neugierige Grüsse
Bine