Hi!
Vorrab: ich bin in dem Gebiet kein Profi und ev. wird man mich korrigieren *g*, aber ich versuchs mal, zumindestens grob.
DEN Universaltest gibt es nicht, sonst wäre es ja zu einfach 
Es gibt zwar einige halbwegs „globale“ Untersuchungen, aber die helfen einem nicht wirklich weiter, weil sie nur als Hinweis dienen und keinen Beweis darstellen.
Das einfachste Beispiel ist die Blutuntersuchung:
neutrophile Granulozyten deuten auf einen bakteriellen Infekt
eosinophile Granulozyten deuten auf Parasiten, allergische oder autoimmunge Geschehen
Lymphozyten deuten auf Virusinfektionen.
Eine weitere „globale“ Möglichkeit ist die mikroskopische Untersuchung:
darin kann man einige Erreger erkennen, wie z.b. Malaria im Blutausstrich oder intrazelluläre Diplokokken (z.b. Gonokokken - „Tripper“).
Diese Methode ist aber auch limitiert, da man nicht alle Erreger sehen kann bzw. diese erst nach speziellen Färbungen oder Vorbehandlungen - da muß man meist schon wissen, wonach man sucht.
Bei einem unbestimmten Infekt legt man auch Kulturen an und schaut, was da so wächst. Dazu verwendet man verschiedene Kulturmedien, um die meisten Erreger so nachweisen zu können. Ist etwas gewachsen, so guckt man mittels bestimmter Nachweisverfahren, was es denn ist. Das eignet sich aber eher für Bakterien und Pilze. Viren lassen sich so z.b. schlecht nachweisen, bzw. es ist sehr aufwendig und schwierig.
Es gibt noch weitere Verfahren, die als „hinweis“ nützlich sind, aber wenn man durch die Symptome schon Hinweise genug hat und sei es auch auf mehrere Erreger, dann macht man eher die wenigen spezifischen Tests, die dann auch als Beweis dienen. Welche man nimmt, bestimmt sich aus den Symptomen des Patienten und auf welche möglichen Erreger das hindeuten kann. Und nach diesen sucht man dann, meist indem man die Antikörper bestimmt.
Und es hilft schon ungemein, wenn man nur aus einer Liste von möglichen Erregern suchen muß, anstatt nach allen 
Da die einzelnen Erreger so unterschiedlich sind, gibt es eben keinen globalen Nachweis, da jeder Erreger, bis er denn nachgewiesen werden kann, erst mal auf spezielle Art und Weise „vorbehandelt“ werden muß (unterschiedliche Probengewinnung, Anzüchtung, Färbung etc.).
Unbekannte Erreger hinterlassen auch einige Hinweise. Man vermutet sie dann an bestimmten Strukturen oder man nimmt an, daß sie bestimmte Eigenschaften haben und forscht daran solange weiter, sammelt immer mehr Hinweise, bis man ihn dann entdeckt hat. Dieser Prozeß kann sich aber über Jahre hinziehen, beispielsweise hat man, wenn ich mich recht erinnere, für das HI-Virus 2 Jahre etwa gebraucht.
Gruß,
Sharon