Wer kennt sich mit AFLP, speziell mit Mikrokokken aus?
Ich mache AFLP mit Bakterien-DNA und das klappt auch gut. Nur die Mikrokokken machen mir Schwierigkeiten. Da das Restriktionsenzym MseI aus Mikros gewonnen wird, schneidet es nicht in der DNA der Mikros. Ich kenne nur AFLP mit RcoRI und MseI und beziehe die Reagenzien von AB. Wer hat noch Protokolle für AFLP mit anderen Restriktionsenzymen.
Wer kennt sich mit AFLP,
Meinst du RFLP? ->RestiktionsFragmentLängenPolymorphismus?
Ich kenne nur AFLP mit RcoRI und
MseI und beziehe die Reagenzien von AB.
mit welchen Enzymen man schneidet, ist für die RFLP-Analyse unerheblich, solange es „nur“ darum geht, unterschiedliche Stämme zu identifizieren (und nicht spezifische Banden). Die Enzyme dürfen nicht zuuu häufig schneiden, sonst gibt’s einen Schmier.
Ganz pragmatisch könnte man auch einfach verschiedene Kombis an Enzymen ausprobieren. Für viele gibt es universelle Puffer, die bei den kombinierten Enzymen gut funktionieren.
VG
Jochen
Hallo,
Wer kennt sich mit AFLP,
Meinst du RFLP? ->RestiktionsFragmentLängenPolymorphismus?
ich denke, mit AFLP ist Amplified Fragment Length Polymorphism gemeint.
Ich kenne mich damit leider auch nicht aus, aber vielleicht hilft ja dieses Paper weiter?
A simplified AFLP method for fingerprinting of common wheat (Triticum aestivum L.) cultivars (Tyrka 2002, J. Appl. Genet. 43(2), 2002, pp. 131-143
Ich weiß nicht, ob das modifizierte System überhaupt für dich anwendbar ist, aber falls ja, ist ja vielleicht der Autor oder einer aus den References bereit, dir ein Protokoll zukommen zu lassen.
Viele Grüße
Paramecium
Hallo Elaken,
im Pflanzenbereich werden mit genomischer DNA u.a. folgende Enzymkombinationen verwendet:
EcoRI/MseI*
EcoRI/TaqI*
EcoRI/BfaI
EcoRI/Csp6I
PstI/TaqI*
SseI/MseI*
SacI/MseI
HindIII/MseI
Die mit * gekennzeichneten sind die wohl gebräuchlichsten.
Die Anzahl der selektiven Basen richtet sich dabei nach der genomgröße - je größer das Genom, um so mehr selektive Basen.
Evtl. können bei Problemen mit einem Enzym auch Ischoziomere verwendet werden.
Folgendes habe ich auf die Schnelle noch gefunden:
BglII–MfeI for AFLP analysis of Salmonella enterica subsp. enterica
(http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&…)
Vielleicht hilfts dir ja weiter. Ansonsten könnte ich noch empfehlen, mal eine Anfrage an http://www.keygene.com zu stellen. Schließlich haben die es ja erfunden 
Viele Grüße
Eva
Da hab ich doch glatt was vergessen…
EcoRI/MseI*
EcoRI/TaqI*
EcoRI/BfaI
EcoRI/Csp6I
PstI/MseI*
PstI/TaqI*
SseI/MseI*
SacI/MseI
HindIII/MseIDie mit * gekennzeichneten sind die wohl gebräuchlichsten.
Eva
ich denke, mit AFLP ist Amplified Fragment Length Polymorphism
gemeint.
Ach ja, hatte ich vergessen. Danke! Ist aber bzgl. der RE kein Unterschied.
VG
Jochen