Hallo Daniel,
der Fahrtkostenzuschuss ist an und für sich steuerpflichtiger Arbeitslohn, allerdings hat der Arbeitgeber die Möglichkeit, ihn pauschal mit 15 % zu versteuern. In diesem Fall ist der pauschal versteuerte Betrag für den Arbeitnehmer von den Sozialversicherungsabgaben ausgenommen.
Jetzt kommt es darauf an, ob Dein Arbeitgeber diese pauschale Versteuerung vornimmt oder nicht.
Fall a) Fahrtkostenzuschuss ist normaler Bruttolohn (BAL) und wird als solcher auch versteuert und mit Sozialabgaben belegt (eher unwahrscheinlich). In diesem Fall wäre der Zuschuss im BAL enthalten und Du könntest die Fahrten als Werbungskosten geltend machen. Da der Zuschuss im BAL enthalten ist, muss er nicht von den Werbungskosten abgezogen werden.
Fall b) Fahrtkostenzuschuss wird mit 15% pauschal besteuert und ist nicht im BAL enthalten (so wirds wohl bei Dir auch sein). In diesem Fall kannst Du auch die Fahrten als Werbungskosten ansetzen, müsstest aber den Zuschuss im Gegenzug angeben, so dass sich in der Summe keine Werbungskosten aus den Fahrtkosten ergeben. Du kannst aber (wenn Du keine weiteren Werbungskosten hast) auch auf die Angabe der Fahrten verzichten, musst aber dann auch den Zuschuss nicht angeben.
Steht der Zuschuss auf der Gesamtjahreslohnbescheinigung (der Zettel fürs Finanzamt, früher Lohnsteuerkarte), was wahrscheinlich der Fall ist, würde ich sogar dazu raten die Fahrtkosten aufzuführen und den Zuschuss davon abzuziehen, nicht dass das Finanzamt auf die Idee kommt, Du hättest einen Zuschuss bekommen und gar keine Aufwendungen gehabt. Manchmal kommen die Leute da auf solche Ideen…
Mit freundlichen Grüssen
Barbara