Hallo Deborah!
So aus der Ferne kann ich das natürlich nicht abschließend beurteilen, dafür müßte ich ins Erhebungskonto sehen…
Bin aber immer noch kzH, und es müßte auch schon ein GROSSER Zufall sein, wenn du ausgerechnet im Bezirk „meines“ FA wohnen würdest…
Ich vermute mal, daß das Guthaben gleichzeitig mit oder kurze Zeit nach den offenen Beträgen (z.B. KraftSt) fällig geworden ist. In diesem Moment erstattet der Rechner das Guthaben nicht komplett, sondern bucht eben um.
Wenn du aber die offenen Beträge gleichzeitig bezahlt hast (die interne Verbuchung kann bis zu 5 Tagen dauern!), dann entsteht dadurch wieder ein Guthaben, das dir dann wieder erstattet würde.
Genauere Auskunft kann dir aber die zuständige Erhebungsstelle deines Finanzamts geben. Ruf doch einfach mal an, die meisten der Kollegen beißen nicht! 
Und wenn du ganz viel Glück hast, kommst du sogar an einen ganz besonders netten Bearbeiter, nämlich so einen wie mich! 
Schönen Gruß,
Robert