Wie hieß denn der genaue Befehl, mit dem Sie die .jar erstellt haben? Eine ausführbare .jar-Datei erstellt man unter eclipse am einfachsten mit File->Export…->Java->Runnable JAR file
Ansonsten sollte eine Neuinstallation des JRE helfen, da sich manchmal andere Programme die .jar-Verknüpfung unter den Nagel reissen (WinRAR macht das manchmal oder Handy-Software). Sollte das auch nicht helfen, dann manuell einstellen, dass .jars mit C:\Windows\System32\javaw.exe geöffnet werden. ACHTUNG: javaW nicht einfach nur java.
Übrigens: Ich schreibe mir selber immer eine .bat-Datei um unter Windows sicherzugehen, dass die Datei auch von jedem geöffnet werden kann. Die sieht dann ugefähr so aus:
@start javaw -jar meinTolles.jar
@exit
@ sorgt dafür, dass der Befehl im Hintergrund ausgeführt wird, und sich dadurch die Eingabeaufforderung so schnell wie möglich wieder schließt