Kannst du so machen, aber wenn du eine Systemsicherung gemacht hast,
kannst du das alte System (d.h. die Partion) löschen und mit der Sicherung überschreiben.
Und zwar ohne Windows (das ist ja verseucht), z.B. mit Acronis von CD.
Aber die neuen Daten, seit der Sicherung musst du extra sichern.
Wenn du noch keine Sicherung hast, dann sichere mal trotz der Infektion.
Ich hoffe, du hast System und Daten getrennt, sonst wird die Sicherung sehr groß und du braucht eine extra HD dafür.
Das System braucht vielleicht 5 GB, bei viel Programmen auch bis 20.
Also legst du eine solche Partion an.
Z.B. mit PartedMagic (von CD oder Stick) die alte Partion verschieben, damit du am Anfang (der Festplatte) wieder eine oder auch mehrere Systeme installieren kannst.
Bei mehreren Systempartionen wird nur eine sichtbar und aktiv, kann man im Bootmanager wählen, der wird bei der Systeminstallation (von deiner CD) eingerichtet.
Viel Erfolg