Hi,
falls Du nicht ohnehin schon einen Blick in die Wikipedia geworfen hast, kann ichs Dir empfehlen 
Man bekommt zumindest einen Eindruck dessen was man darunter zu verstehen hat.
Allgemein: eine Systematik ist ja ein Versuch ein bestehendes Ganzes zu katalogisieren und die Einzelteile in Verhältnisse zueinander zu setzen.
Der Phylogenetische Stammbaum versucht die Entwicklungsgeschichte der Arten, Ordnungen etc. darzustellen, zu beweisen usw.
Früher anhand von anatomischen Merkmalen (sieht ähnlich aus, ist wohl verwandt), mittlerweile mehr aufgrund biochemischer Kriterien.
Es muss ja daher Kriterien geben, warum man eine Gruppe wie „Wirbeltiere“ aufgestellt hat und Gründe für deren Positionierung im Stammbaum geben. Maus und Mensch unterscheiden sich deutlich und doch gibt es Gemeinsamkeiten.
Man versucht nicht nur die aktuellen „Verwandschaftsverhältnisse“ darzustellen, sondern auch den Werdegang. Wer stammt von wem ab oder wer teilt sich mit wem gemeinsame Vorfahren. Wer ist entwicklungsgeschichtlich eine neuere „Erfindung“, welche Eigenschaften haben sich lange konserviert etc.
Ich hoffe ich konnte Dir einen Schubs in die Richtige Richtung geben 
JD