Das Einzige, was wirklich blinkt, sind die Strobelights. Die sind an, bevor man das/die Triebwerk/e anlässt und man schaltet sie erst bei Triebwerkstillstand wieder aus (wenn überhaupt).
Es gibt wohl tatsächlich mehrere Scheinwerfer (wie am Auto) von denen einige nach vorwärts in Flugrichtung gerichtet sind und andere nach unten, um die Landefläche zu beleuchten.
Bei großen Airlinern sind sie meist rechts und links in der Flügelwurzel, bei kleineren Maschinen auch am Fahrwerk, am Bug, oder in einer Tragfläche montiert.
Möglich, dass beim Überflug der Eindruck entstehen kann, die Scheinwerfer würden blinken. Man sieht einfach nur erst die Einen und dann die Anderen. Man kann beide Lampensätze auch getrennt schalten, sodass in dem Moment vielleicht ein Blinkeindruck entstehen kann.
Diese Lampen haben ausser für besseres Sehen und gesehen werden keinen weiteren Sinn. Signale gibt man mit ihnen nicht-ist mir zumindest nicht bekannt.