Hallo Daniela!
Das Thema halte ich persönlich für ziemlich komplex und daher auch relativ kompliziert zu erklären, aber ich gebe mir mal Mühe, das so einfach wie möglich auszudrücken.
Gewitterwolken (oder allgemein Wolken) bleiben ja nicht immer gleich. Sondern durch Erwärmung, Abkühlung usw. türmen sich Wolken z. B. auf oder fallen in sich zusammen usw. Wenn Du länger eine Wolke beobachtest, siehst Du das ja auch.
Diese Auf- und Abwinde sorgen dafür, dass in manchen Teilen einer Wolke die Ladungen unterschiedlich überwiegen. Oft sammeln sich z. B. überwiegend positive Ladungen im oberen Teil einer Gewitterwolke und unten die negativen. (Natürlich sind auch oben negative Ladungen und unten positive, aber die jeweils andere Ladung überwiegt in dem Bereich.)
Durch diese getrennten Ladungen entsteht nun natürlich eine gewisse Spannung die schließlich durch einen Blitz entladen wird.
Das ist im Grunde kein großer Unterschied zu einem Blitz zwischen Wolke und Erde. Es kommt hier eben darauf an, wo welche Ladung anzutreffen ist.
Ich fürchte schon, dass ich das nun doch zu kompliziert geschrieben habe - habe mich nämlich nun selbst damit verwirrt.
Aber weiteres dazu nachlesen kannst Du z. B. hier: http://de.wikipedia.org/wiki/Blitz
Liebe Grüße,
Tally