Mit ein wenig andern Worten: Der Unterschied besteht darin, daß es keiner ist.
Wie a.a.O. schon zitiert: Grimms DWB hat das bereits 1893 gewusst.
Und noch ein PW:
was ist der Unterschied zwischen einem Krokodil?.
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Es kann weder fliegen.
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Gruß
Metaper
Als Nichtmuttersprachler wird man genau wegen solcher Pseudo-Unterscheidungen erst recht die Frage aufwerfen, wie @Nadja sie gestellt hat.
Das bedeutet, die Antwort auf die Frage, warum es Tunnelröhre und nicht Tunnelrohr heißt, lautet: 
?
Genauso, wie bei der Frage, warum es „Abflussrohr“ und nicht „Abflussröhre“ heißt. Oder wieso „Ofenröhre“ und „Ofenrohr“ zwei verschiedene Objekte sind. Oder, warum es zwar „Luftröhre“, „Eustachi-Röhre“ heißt, aber in der anatomischen Akustik durchgängig von Rohren und nicht von Röhren die Rede ist.
Die Antwort lautet - wie obene bereits erwähnt: In der Vergangenheit der diachronen Etymologie finden sich zwei Formen mit gleicher Bedeutung, im Singular und im Plural, aber im Lauf der Geschichte mit wechselnder Häufigkeit. In diesem Fall ein Neutrum ohne Umlautung und ein Femininum mit Umlautung.
Der gleiche Grund wie kürzlich hier diskutiert der Plural „Baue“ neben „Bauten“ und „Läufe“ neben „Läufte“.
Die Frage ist: Warum glaubt man dem Grimm nicht? „ ein durchgreifendes prinzip, nach welchem der sprachgebrauch sich für rohr oder röhre entschiede, ist nicht vorhanden .“
Wie unbefriedigend 
Wie ich schon sagte:
oder
Du reitest ̶e̶i̶n̶ ̶t̶o̶t̶e̶s̶ ̶P̶f̶e̶r̶d̶ einen „toten“ Hexenbesen.
̶
Garniert war deine Aussage mit einem völlig falschen Beispiel. Das fördert nicht gerade das Vertrauen
Das passt schon.
Ich vertraue darauf, dass dir nicht zu trauen ist.
Zwei Redewendungen: „in die Röhre schauen“ (eine Aktion unternehmen und im Endeffekt nichts erreichen) und „einen Braten in die Röhre schieben“ („in die Röhre“ synonym für „in den Ofen“). Zumindest in diesen beiden Fällen dürfte man Röhre nicht (trittsicher) mit Rohr ersetzen können.