Daten aus einer MRT Untersuchung konvertieren

Computer: Software & Programmierung Software allgemein
#1

Hallo,
nachdem ich mit meiner Recherche nicht weiter komme stelle ich meine Frage mal hier.

Nach einer Untersuchung in einem MRT (Kernspintomograph) habe ich die Bilddaten auf einer CD mitbekommen.
Auf der CD ist auch ein Viewer mit dem ich die Längsschnitte anschauen kann.
Die viel spannerndere 3D Ansicht kann ich damit leider nicht anschauen.

Der Artzt hat mir gesagt mit der Freeware MRICRO könnte ich das.
Dazu muss ich die auf der CD vorhandenen Daten konvertieren.
Leichtfertig habe ich gesagt das bekomme ich schon hin.
Die Software habe ich gefunden und auch installiert.

Und nun sitze ich da und nichts klappt. Die Daten haben keine Dateiendung so das ich nicht mal weiß von welchem Format ich in welches konvertieren muss und vor allem womit.

Gibt es da draußen vielleicht jemanden der/die mir da weiterhelfen kann?

Ich würde mich über jede Anregung freuen, die mich meinem Innenleben näher bringt :smile:

Danke schon mal
Tschüss

#2

Um die Daten anzuschauen, brauchst Du einen 3D DICOM-Viewer. Davon gibts reichlich zum kostenlosen Downloaden.
ABER: Zum einen müssen überhaupt 3D-Datensätze akquiriert worden sein, was nicht die Regel ist. Und außerdem müssen Dir diese dann auch noch auf die CD überspielt worden sein, was noch weniger häufig der Fall ist, da meist - aufgrund von weniger notwendigem Datenspeicher (hast Du ne CD oder DVD mitbekommen?) - nur repräsentative MPRs dem Patienten mitgegeben werden.
Die lt. deiner Einschätzung spannenderen 3D-Ansichten sind oftmals enttäuschend, da um richtig gute 3D-Datensätze zu erhalten, mit isotroper Auflösung akquiriert werden muss. Bedeutet also, dass auch für ggf. Messsequenzen, welche mit „…3d…“ beschriftet wurden, zwar eine 3D-Messtechnik zugrunde liegt, allerdings dies nicht zwangsläufig auch isotrope Auflösung bedeutet, somit werden auch solche 3D-Messungen keinen Spaß beim freien Betrachten machen.
DICOM-Daten haben in der Regel die Endung „.IMA“. Sollte der Brenner Secondary Captured Images erstellt haben, was auch noch sein könnte, geht eh nix mehr damit, außer angucken wie sie sind und bsp. JPEG rückzukonvertieren in DICOM ist nicht mehr möglich.

#3

Hallo,
wie schon vorher gesagt, wird ein DICOM-Viewer benoetigt, welcher aber im allgemeinen mit auf der CD ist.
Wie auch vorher schon erwaehnt, sind die 3D-Daten fuer das Leihenauge selten aussagekraeftiger als die 2 dimensionalen Bilder. Oftmals scheitert es schon am Vorstellungsvermoegen, wie und was die Bilder darstellen.
3D-Studien haben den Vorteil, dass man spaeter jede Kippung und Achse in diesem 3D-Volumen nachberechnen kann. Nur, um zu wissen, welche Schicht interessant ist, braucht man medizinischen Fachwissen.
Daher denke ich, was nicht auf den „normalen“ Schichten nicht zu sehen ist, wird sich Dir auch nicht in den 3D-Sequenzen erschliessen.
Entweder dem Radiologen trauen oder den Datensatz einem Radiologen des Vertrauens zum Befunden geben.
Der mitgelieferte DICOM-Viewer ist jedenfalls nicht zum Befunden geeignet. Dazu bedarf es ausgefeilterer Technick.
Gruss
Frank

#4

Hallo
danke für die Antworten.
Ich glaube ich muss da was klarstellen. Die Untersuchung fand im Rahmen einer Studie statt. Das heißt mein Interesse ist weniger medizinischer oder pathologischer Natur.
Vielmehr ist es leihenhaftes Interesse.
Ich finde es einfach spannend das ich mir in meinen eigenen Kopf schauen kann (Wo sind die Augen, die Nebenhöhlen die gerade wieder zu sind :wink: etc.)

Deshalb ist der mitgelieferte Viewer für meine Zwecke völlig ausreichend um senkrechte Schnittbilder anzuschauen. Der Radiologe hat mir aber auch ein drehbares 3D Bild gezeigt in dem auch Querschnitte möglich waren.

Aber vermutlich hat dein Vorredner recht und die Daten für die 3D Ansicht befinden sich nicht auf dem Datenträger.
Auf Grund meiner aktuellen Erkältung hatte ich keine so richtige Lust zum Rumprobieren.

Tschüss und nochmals Danke für die Informationen.
Mike

#5

Dir auch vielen Dank für die Infos.
Wenn es mirmit meiner Erkältung wieder besser geht werde ich mich mal damit ausseinandersetzen.
Mehr zu meiner Intension die Bilder anzuschauen habe ich als Antwort an Frank Oberlaender geschrieben.

Gruß
Mike

#6

Hallo.
MRIcron ist ein nifti viewer. Diese werden haeufig bei Diffusionsdaten eingesetzt. Einen passenden Konverter fuer DICOM (das sind, wie von den anderen bereits geschrieben, die allermeisten klinischen Datensaetze) nach nifti findet sich auf der Webseite von MRIcro (http://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricro/mricron/dc…).
Allerdings sind gerade Diffusionsdaten aufgrund der intrinsisch hoeheren Messzeit oft nicht 3D/isotrop. Ein Versuch kann aber trotzdem nicht schaden und auch wenn die 2D-Daten oft leichter zu interpretieren sind, macht es doch auch Spass, mal das Ganze in 3D anzuschauen.
Viel Erfolg,
Volker