Hallo Enno,
Die Problemstellung fällt in den Bereich EAI (Enterprise Application Integration), alle EAI-Plattformen die was auf sich halten bringen Werkzeuge mit um dein Problem zu lösen.
Von der grundsätzlichen Architektur schaut das so aus, das du mal für jedes Endsystem (in deinem Fall die Datenbanken) einen Konnektor/Adapter hast. Zwischen den beiden Adaptern hast du für die logische Datentransformation ein entsprechendes Tool in dem sich die Beziehungen idealerweise grafisch darstellen lassen.
Solche EAI-Plattformen sind aber in der Regel ziemlich teuer und wahrscheinlich nicht ganz was du suchst.
Ich würde mir da was ähnliches selber basteln, XML und XSLT basierend. Zuerst bildest du die Daten auf XML ab (eventuell gibts da je nach verwendeter Datenbank schon was) und dann lasst du sie durch eine XSLT-Engine (gibts als Open Source) laufen. XSLT beschreibt Transformationen zwischen XML-Daten. Da gibts auch kostengünstige grafische Editoren.
Mit ein paar Mannwochen Entwicklungsaufwand läßt sich damit IMHO eine für diesen speziellen Fall gute Lösung entwickeln.
Grüße, Robert