Hallo Marco,
ich kann mich meinen Vorrednern nur anschließen: Einfacher geworden ist das Bahnsystem wirklich nicht. Aber da ich oft und gerne Bahn fahren (bin auch Pendler) versuche ich, durch den Dschungel durchzublicken. Die Internetseite ist auch ein Fall für sich…
Zumindest auf der Strecke bis München kann ich Dir folgende Tipps geben:
Grundsätzlich kann man die Tickets - wenn man sich vorher registriert - selbst ausdrucken, bis zu 1 Stunde oder so vor der Abfahrt. Damit entfällt zumindest das Schlangestehen am Schalter.
Surf&Rail
http://reiseauskunft.bahn.de/bin/query.exe/dn?srf=yes&
War zwar früher besser und günstiger, aber immerhin. Such Dir eine Strecke raus, auf der Du fahren würdest (z. B. diese Köln-München, Du steigst halt erst in Frankfurt ein) und versuch Dein Glück. Kostet hin und zurück immer 50 Euro! Dann müsstest Du Dich aber auf die Züge festlegen. Das Angebot wechselt immer wöchentlich!
Sparnight
http://www.nachtzugreise.de/dbautozug/site/index.html
Damit kannst Du ab 29 Euro (je nachdem, wo Du sitzen/schlafen willst) im Nachtzug auch bis Österreich verreisen. Ich glaub, das buchst Du am besten am Schalter, weil da gibt es kein Online-Ticket. Und die Züge sind hier auch fest, soweit ich weiss.
Mitfahrertarif
http://www.bahn.de/pv/view/home/info/mitfahrerboerse…
Es gibt auch noch mehr Mitfahrerbörsen im Internet, da gibt’s vielleicht einen oder mehrere Mitfahrer, dann wird’s billiger (1 zahlt 100%, bis zu 4 weitere je 50%). Notfalls kannst Du auch noch am selben Tag Mitfahrer suchen, ist natürlich ein Risiko.
Ansonsten: versuch’s in bekannten Auktionshäusern, da kann man schonmal Glück haben, dass gerade jemand ein Ticket loswerden will.
Alternativen:
Fahr mit dem Reisebus: http://www.deutsche-touring.com/
Kommt natürlich auf die Verbindungen an, ist aber manchmal eine gute Alternative zur Bahn.
Mitfahrzentrale (Auto): (einfach mal googeln, da kommt einiges zusammen)
Noch ein Tipp: wenn Du möglichst günstig fahren willst, dann sag das auch so am Schalter. Im Internet musst ein Kästchen deaktivieren „schnelle Züge bevorzugt“ oder so heisst das. Sonst kommen nämlich immer die zuerst die teuren ICEs, obwohl es in den meisten Fällen auch die günstigeren Züge tun.
Ich hoffe, ich konnte Dir damit zumindest etwas helfen und hab Dich nicht noch mehr verwirrt! 
Schöne Grüße und gute Fahrt,
Tonyfost
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