Das ist Humbug, natürlich darf man Zeugnisse auch in Farbe kopieren oder einscannen. Vermutlich denkt der Copyshop hier an Dokumentenfälschung, aber das trifft nur, wenn man eine Kopie als Original ausgibt, nicht aber wenn man nur eine Kopie anfertigt. Schwarz-Weiß-Kopien sind halt meist sofort als Kopie erkennbar, da stellt sich die Frage gar nicht erst.
Ich würde für Email-Bewerbungen aber immer alles in Schwarz-Weiß einscannen und verschicken, alleine schon wegen der Dateigröße, Farbscans sind ungleich größer, da können die Anhänge schnell zu groß für einen sicheren Versand per Email werden. In Farbe würde ich nur Dokumente einscannen, die als Schwarz-Weiß-Kopie schlecht oder gar nicht lesbar sind.