Die Zusammenveranlagung wird - wenn keine Besonderheiten vorliegen, die du uns vorenthälst - wohl auf jeden Fall günstiger sein. Getrennte Veranlagung von Ehegatten ist meist nur bei einem Vorliegen von Progressionseinkünften, etwa ausländischen Einkünfte oder Lohnersatzleistungen, günstiger, manchmal auch wenn beide Ehegatten annähernd gleich verdienen.
Elster berechnet das zu versteuernde Einkommen und die festzustetzende Einkommensteuer in genau der Struktur, wie das beim Einkommensteuerbescheid auch gemacht wird. Du kannst diese Berechnung laufen lassen und dann die Steuerlast (Mann) plus Steuerlast (Frau) mit der Steuerlast (Mann + Frau) vergleichen.
Wenn es Dir aber nicht um konkrete Beträge geht, sondern tatsächlich nur um die Frage, ob Zusammenveranlagung beantragt werden soll oder nicht, brauchst Du den Aufwand nicht zu treiben: Ja, Zusammenveranlagung ist günstiger. In welcher Richtung man getrennte Veranlagung überlegen muss, hat doch @Rotalge schon gesagt.