Hast du nun Einspruch eingelegt oder dir nur den Bescheid erklären lassen?

Warum? Hast du dir den Steuerbescheid elektronisch übermitteln lassen? Dann musst du nur über die Software den Punkt "Steuerbescheid prüfen" wählen. Dort wird der abgerufen und du kannst dir dann einen Vergleich Zeile für Zeile anzeigen lassen, wo die Abweichungen wie oben beschrieben angezeigt werden. Es werden höchstwahrscheinlich nicht 1000 kleine sondern eher einige wenige größere Posten sein.

Was hatte dir denn das Programm vorher angezeigt? Das zeigt dir doch auch eine Berechnung, wenn eine Einzelveranlagung und die gemeinsame Veranlagung gegenübergestellt werden.