Ethidiumbromid - DNA

Wissenschaft Biologie
#1

Hallo wwwler!

Ich bräuchte ein paar Infos zu Ethidiumbromid:

  1. Ich habe eine 1%ige EtBr-Lösung und möchte damit DNA in einem Gel anfärben; ich möchte das EtBr allerdings erst zum Laufpufffer mit dazugeben.

Kann mir jemand sagen, wie viel ich davon nehmen sollte um ein akzeptables Ergebnis zu bekommen?

  1. Zur Entsorgung kann ich ja das EtBr mit Aktivkohle dem Puffer im Anschluss entziehen! Hat da jemand eine Anleitung, wie man das selbst machen kann (die kommerziellen Extraktoren sind ja recht teuer!)?

  2. Wie kann ich die Gele entsorgen (gibt es da kommerzielle Anbieter oder auch güsntigere Alternativen?)

BEsten Dank für Hilfe!

grüße
karla k

#2

Ich nutze Ethidiumbromide im Gel, nicht im Laufpuffer (obwohl die beste Art und Weise fuer mich das „Einlegen“ der normalen Gels in eine Ethidiumbromide-Loesung waere, ganz einfach wegen der Ethiduimbromidkontaminierung). Daher weiss ich die Konzentration nicht die man verwenden sollte fuer Laufpuffer.
Bei der Entsorgung wuerde ich gar nicht rumexperimentieren mit irgendwelchen Sachen, schon gar nicht mit solchen Stoffen die Kanzerogenitäts-Kategorie 3B zugeordnet werden. Fuer solche Sachen gibt es „Sonderabfaelle“, die anschliessend fachgerecht entsorgt werden.

#3

Ich habe immer 125µg/ml im Gel verwendet, aber siehe folgendes:

Ethidiumbromid wird zur Färbung von DNA in der Polyacrylamid- oder Agarosegelelektrophorese verwendet. Anregung mit Licht der Wellenlänge 254 nm wird von der DNA aufgenommen und an Ethidiumbromid weitergeleitet. Bei einer Anregung im Bereich 366 nm wird der Farbstoff direkt angeregt (3). Als Stammlösung verwendet man üblicherweise eine wässrige Lösung mit einer Konzentration von 10 mg/ml und eine Endkonzentration von 0,2 - 0,5 μg/ml (5). Üblicherweise wird die Färbung nach dem Elektrophoreselauf durchgeführt oder im Fall der Agarose Ethidiumbromid auch direkt vor dem Gießen des Geles der Gellösung zugesetzt. Dies ist insofern praktisch, da das Gel während des Laufes immer wieder unter UV-Licht kontrolliert werden kann und die Wartezeit während der nachträglichen Färbung entfällt. Allerdings muss berücksichtigt werden, dass die ‚Vorfärbung‘ auch zu Artefakten führen kann (4).
In einer weiteren Anwendung kann DNA sehr sensitive mit Ethidiumbromid quantifiziert werden. Bei einer Anregung mit UV-Licht 250 nm und einer Emission von 605 nm liegt die Empfindlichkeit besser als beim Farbstoff Hoechst 33258. Bei einer Konzentration von 0,5 μg/ml EtBr ist ein Detektionslimit von 10 ng/ml DNA im lineraren Bereich von 20 bis 1250 ng/ml möglich (6).
Die Stammlösung sollte bei +4°C dunkel aufbewahrt werden.
Achtung: Als DNA-Interkalator ist Ethidiumbromid ein sehr starkes Carcinogen. Die LD50 oral liegt bei der Maus bei 1500 mg/kg, die LD50 subcutan bei 110 mg/kg und die LD50 intraperitoneale Injektion bei 150 mg/kg. Ethidiumbromid wird über den Urin in unveränderter Form ausgeschieden (1).