Hallo!
Zuerst mal: Was ich mache, mache ich mit GIMP. Ich kann aber auch auf Photoshop zurückgreifen, wenn nötig.
In einigen Fotos mit Zellfärbungen, die ich habe und mache, sind (wegen eines Kameradefektes nehme ich an) sind Zonen (v.a. um zwei angrenzende Ecken) unterbelichtet bzw. die Mitte und Ecke daneben überbelichtet.
Nachfolgend will ich mit einer kompromisslosen Farbkurvenkorrektur schwache Hintergrundsignale im Bild auf praktisch auf schwarz drücken, spezifische Signale fast völlig auf 255 stellen.
Hier mal ein Beispielbild dazu:
http://s3.directupload.net/file/d/1364/ttwal7ol_jpg.htm
und zu was ich etwa machen will, nur dass mich der Hintergrund in der stört, der dann zu einem rot 255 wird:
http://s4.directupload.net/file/d/1364/74ho3qb8_jpg.htm
Und den Hintegrund einfach wegwischen mit nem Radierer, das wäre wohl echt wissenschaftliches Fehlverhalten.
Mein Problem:
Am Rand sind spezifische Zellfärbungen mitunter so hell wie in der Mitte der unspezifische Hintergrund.
Was suche ich?
Ein Werkzeug, mit dem ich sowas wie „Höhenlinien“ in ein Bild einzeichnen kann und auf einer solchen oder ähnlichen Basis will ich dann die Bilder in der Belichtung korrigieren, in der Hoffnung, nachher in der Farbkurvenkorrektur den Hintergrund in der Mitte drücken und spezifische Signale am Rand extrem zu verstärken. Am besten wäre natürlich, wenn man eine derartige Maske oder sowas speichern könnte, um diese auf ein paar Dutzend Bilder anwenden zu können.
Habt Ihr einen Tipp?
Viele Grüße, Stefan
He,
bei so einem Bildrauschen bekommst du noch ne Wissenschaftliche Information? Toll!
Aber naja: In Photoshop gibt es unter Filter/ Rendering/ Beleuchtungseffekte, die Möglichkeit einen Zentralenlichtpunkt zu setzen. Auch umgekehrt: Dunkelpunkt(?)!. Radius und Intensität könnten anhand der Einstellungen (Zahlen) ja festgelegt und für alle Bilder beibehalten werden. Schön dokumentiert ist das fast wissenschaftlich!
Ich bezweifele, dass das deine Lösung ist. Aber vielleicht ein Ansatz! Viel Glück!
He,
bei so einem Bildrauschen bekommst du noch ne
Wissenschaftliche Information? Toll!
Danke für die Antwort!
Das ist sogar eine recht gute Färbung, kann ich Dir sagen. Boahh, war ich grade müde, als ich das geschrieben habe. Aber leider hocke ich immernoch im Labor. Doch bald geht es ins Bett.
Dass diese Färbung halt echt was aussagt, das sieht man so leicht auch nicht.
Dazu muss man sich anschauen, wie die Bilder aussehen, wenn man keine Antikörper mit entsprechender Spezifität einsetzt und das im Vergleich sehen.
Außerdem sind die Zellen gegengefärbt mit DAPI einem Kernmarker, der ein darauflegbares Bild erzeugt, das ich nicht gezeigt habe. Dann kann man auch die Zellgröße abschätzen etc. Das sieht dann etwa so aus:
http://labcoats.blogspot.com/2007_07_…
Also diese Blauen Dinger sind Zellkerne. Solche Bilder entstehen beim Übereinanderlegen von Aufnahmen. Also DAPI-Aufnahme und rot oder grün z.B.
(Ja, dessen Bilder sind schöner, das ist klar, hat wohl aber seine Gründe. Das sind bestimmt Zellkulturen mit einem Spezialmikroskop aufgenommen wie einem Laserscanningmikroskop oder so. Hab auch schon Bilder derartiger Schönheit gemacht und als künstlerisch unbegabter Mensch meinen Eltern geschenkt.)
Gruß, Stefan
Hallo Stefan!
Ich kann bei den vorher geposteten Beispielaufnahmen zwar Unterschiede zwischen den „rotfleckigen Mustern“ erkennen… Aber „Schatten“ in den Ecken?
Ist es denn möglich, dass Du eine „Leeraufnahme“ am Mikroskop machst, die Du dann eventuell als Alpha-Kanal zur Korrektur verwenden könntest?
Und dort ->
Das sieht dann etwa so aus:
http://labcoats.blogspot.com/2007_07_…
Also diese Blauen Dinger sind Zellkerne. Solche Bilder
entstehen beim Übereinanderlegen von Aufnahmen. Also
DAPI-Aufnahme und rot oder grün z.B.
Hallo!
Ich meine an der linken und oberen Kante ist das Bild unterbelichtet ganz besonders rechts oben in der Ecke.
Gut bis überbelichtet in der Mitte bis unten rechts.
Die Idee mit dem Alphakanal ist gut. Muss ich vielleicht mal ein wenig dran rumspielen, nachdem ich mir henau überlegt habe, wie das funzt. Selbst mit GIMP bin ich halt ein blutiger Anfänger, da es das erste mal ist, dass ich was mit Bildern mache.
Der Link war übrigens folgender:
http://labcoats.blogspot.com/2007_07_01_archive.html
Viele Grüße, Stefan