Hi,
was geht denn da nicht? Sichert die Software die Partition gar nicht zurück oder funktioniert die bespielte Platte nur nicht wie gewünscht?
Meine Meinung: die Festplatte klonst Du besser mit Knoppix. Du kannst mit Knoppix auch das Problem analysieren, z.B. wenn die Daten auf die neue FP aufgespielt wurden, diese aber nicht bootet.
Hier die Anleitung zum Sichern und Rücksichern mit Knoppix:
Lade das KNOPPIX CD-Image runter, brenns auf CD zB mit der FReeware ISOBURN. Leg die CD ein, boote damit.
In Knoppix wähle in der Auswahl „Shell“ und gib da „partimage“ ein.
Wenn Du ein externes Laufwerk verwendest, um die Partition zwischenzuspeichern, findest Du die unter /media/sda1 (am besten dort vorher unter Windows für die Sicherung ein Unterverzeichnis anlegen) -> „/media/sda1/Unterverzeichnis“ als Ziel der Sicherung eintragen.
Du musst noch rauskriegen, welche Partition Du sichern musst (wahrscheinlich /dev/hda1, oder wenn mehrere Partitionen zu sichern sind auf der ganzen FP: /dev/hda).
Wenn Du fertig gesichert hast, baust Du die neue Festplatte ein und machst das gleiche nochmal, nur eben dass Du die Sicherung zurücksichern lässt auf die neue größere Festplatte, anstatt sie zu sichern. (Das siehst Du dann schon in partimage)
Wenn Du Null Ahnung von LINUX und kommandozeilen-Eingaben haben solltest, ist das vielleicht abschreckend und man kann da durchaus auch Blödsinn machen (-> alle Daten weg!), aber es ist eigentlich nicht wirklich schwierig, zumal Dich partimage alles fragt…
Wenn Du direkt klonen willst (beide Festplatten gleichzeitig in einen PC eingebaut, zB mit Adaptern?), dann geht das auch mit KNOPPIX und zwar mit parted…
Das alles KOSTNIX… außer ein bisschen Fleiß, Zeit sich zu informieren und zu spielen, Mut für Neues und ein wenig Interesse… LINUX eben 
Die Auseinandersetzung mit KNOPPIX lohnt sich, zumal man damit super Datensicherungen machen kann, oder zerschossene Systeme wieder zum Laufen bringen… und wenn man sich gelegentlich vorbeugend Zeit nimmt, damit zu spielen, dann verliert jeder GAU seinen Schrecken. 
Wenn Du mit KNOPPIX was machen willst und keine Erfahrung damit hast, solltest Du zuerst Dich informieren, was der Unterschied zwischen /dev/hda1 und /media/hda1 ist, wie die Festplatten benannt und numeriert werden und was Du wo findest… ohne die mindesten Grundlagenkenntnisse diesbezüglich ist es riskant, damit zu arbeiten.