Hydrophobizitätsprofil und Transmembrandomänen

Wissenschaft Biologie
#1

…erkennen

Hi alle zusammen,

wenn ich ein Hydrophobizitätsprofil gegeben habe, wo auf der Y-Achse die Hydrophobizität dargestellt ist und auf der X-Achse die Länge der Aminosäureketten, dann ergibt sich z.b. ein ungefähres „zick zack Muster“, ich hoffe ihr könnt euch darunter was vorstellen, was ich meine. Nun sagen wir, dass wir vier Spitzen oberhalb der X-Achse haben und vier Spitzen unterhalb der X-Achse(diese sind ja hydrophil).

Wieso kann ich nun sagen, anhand der vier Spitzen oberhalb der X-Achse kann ich erkennen, dass es vier Transmembrandomänen sind?

Irgendwie werd ich aus diesem Profil nicht schlau. Ich hoffe irgendwer kann sich was darunter vorstellen und mir Hilfestellung leisten :smile: .

Danke für eure Hilfe im Voraus

Mfg Chutriel

#2

Hallo Chitriel,

Folgender Gedanke seckt hinter diesen Diagrammen: Damit eine Aminosäurekette in einer Membran stecken kann, braucht es -soweit ich mich erinnere- eine Abfolge von mindestens 10 eher hydrophoben Aminsosäuren, weil die Membran ja aus einer hydrophoben Doppellipidschicht besteht. Auf den Aussenseiten der Membran sind eher geladene, hydrophile Aminosäuren notwendig. Diese „rutschen“ dann nicht in die Membran und „verankern“ so die Transmembran-Domäne.
Bei einem Protein mit z.B. 7 Tramsmembrandomänen finden sich eben (mindestens) 7 Bereiche mit einer Häufung von hydrophoben Aminosäuren einer gewissen Länge, die die Membran durchspannt.
Mehr sagt das Diagramm nicht aus. Aber man kann damit aus der Aminosäurekette gut Vorhersagen machen, ob es sich um ein Membranprotein handelt.

gruss
yps