Als Dateisystem würde ich ext3 empfehlen. Das ist eigentlich bei allen Distributionen Standard.
Mount-Point ist das Verzeichnis in das eine Partition eingebunden wurde.
Linux verwaltet seine Partitionen anders als Windows. Es gibt kein C:/, D:/, …
Es gibt eine Hauptpartition mit einer festen Verzeichnisstruktur (natürlich kannst du die anpassen, neue Verzeichnisse erstellen und so weiter). Alle weiteren Partitionen kannst du hinter ein beliebiges Verzeichnis hängen (oder auch mounten).
So kannst du den Platz an die Stellen hängen, an die du den Platz brauchst.
Zu empfehlen ist es zum Beispiel zwei Partitionen zu erstellen, die erste vielleicht so 15 GB und die zweite Platte der Rest. Beide formatierst du zu ext3.
Die 15GB Partition wird dein Wurzelverzeichnis, deine Hauptpartition, der Einhängepunkt ist dann /
Auf die zweite Partition sollen deine ganze persönlichen Daten, Einstellungen, E-Mail, … Als Einhängepunkt wählst du /home.
Das hat den Vorteil, dass du Linux neuinstallieren kannst ohne, dass deine Sachen verloren gehen. Deine Lesezeichen, Plugins, E-Mail, IM Verläufe, … alles bleibt erhalten.
So kannst du beliebig viele Partitionen und beliebigen Stellen einhängen. Denkbar ist zum Beispiel eine Partition mit Musik drauf, die könntest du dann in /home//Musik einhängen. Das darf dann auch eine NTFS Platte sein, die du dann auch unter Windows benutzen kannst.
So, das war meine eine kurze Erklärung aber ich hoffe du merkst, dass unter Linux einiges anders läuft als unter Windows 
Gruß
