Was meinst du mit
Ist das die selbe Maschine (Linux von CD oder als virtuelle Maschine), oder ein weiteres Gerät?
Beim selben Gerät mit unterschiedlichen OS kann das Problem durchaus auch in der Hardware liegen. Z.B. nicht so hochwertiger Netzwerkchip, geringere Prozessorleistung, schlechteres Timing auf dem Bus, …
In der Tat wäre es dann spannend, mal den anderen PC an dieser Leitung zu testen.
Aber andererseits sollte man das alles nicht überbewerten und übertreiben. Die tatsächlich im realen Leben erreichbaren Werte liegen ohnehin in ganz anderen Bereichen, wenn man nicht gerade nur lokal mit hochgezüchteter Hardware und reinen Punkt-zu-Punkt-Verbindungen zu tun hat.