Hallo Luca,
Ja das ist so ein Thema. Ich traue dem iTunes-Konzept nicht so richtig und fühl mich mit dem Programm immer, wie mit einer Schlinge um den Hals. Aber das ist ein anderes Thema 
iTunes selbst bietet zwei Methoden zur Datensicherung an.
Erste Methode:
Datei > Mediathek > Sicherungskopie auf Speichermedium…
Folgend wird man gefragt, was man alles sichern will. (Alles oder nur Gekauftes) Für den Fall das deine Mediathek sehr groß ist empfiehlt sich die Verwendung eines virtuellen Brenners, da iTunes die Sicherung nur auf CD/DVD zulässt (Warum nur Steve?)
nach der Neuinstallation von iTunes muss nur die erste CD/DVD eingelegt bzw. das entsprechende Image im virtuellen Laufwerk geöffnet werden. iTunes erkennt das dann und fängt mit dem Restore an.
Zweite Methode:
Datei > Mediathek > Mediathek exportieren
Was genau hier gesichert wird, weiß ich jetzt aus dem Stehgreif leider nicht - sicher gibt google Aufschluss. Ich würde allerdings nicht auf diese Methode vertrauen. Wenn iTunes mit Methode 1 schon ein Vollbackup ermöglicht, wird das kaum ein zweites sein.
Außerdem ist es Möglich händisch die Daten zu sichern.
Unter Win 7 in:
Bibliotheken > Musik > iTunes
(unter XP sollte es „Eigene Dateien > Eigene Musik > iTunes“ sein)
Den gesamten Inhalt sichern. Nach der Neuinstallation dann den Inhalt auf die selbe Stelle kopieren und fertig. Sollte genauso funktionieren.
Ich empfehle dir die Sicherung über iTunes Methode 1 + händische Sicherung. Da bist du auf der sicheren Seite. Nach dem Reinstall einfach die erste CD/DVD starten. Falls dann noch was fehlen sollte, kannst du das über die zweite Sicherung ergänzen. Außerdem hat das den Vorteil, dass du alles selbst in der Hand behälst. So sind die Apps z.B. in den Pfaden unter dem iTunes-Ordner als App.ipa gespeichert.
Falls du einen JB hast und Installous- + Cydia-Apps sichern musst, ist das auf diesem Weg natürlich nicht mit getan. Entweder du machst dazu ein iPhone Backup. Ansonsten gibts dafür dann z.B. AptBackup im Cydia Store für die Cydia Apps und im Installous bei Settings „iTunes Sync“ aktivieren. (Die MEISTEN Istallous Apps werden beim iTunes Sync erkannt)
Das sollte dir erstmal helfen. Bei weiteren Fragen gern
Gruß, wipi