Du lädst die Dateien durch FTP hoch. Wenn Du sie in das richtige Verzeichnis hochlädst (können wir ja nicht beurteilen) kann es immer noch sein, daß die Rechte nicht korrekt gesetzt sind.
Ob dies der Fall ist, kann ich nicht beurteilen. Wenn Du ssh-Zugriff hast (und den gibt es ja auf diesem Rechner) kannst du es selbst überprüfen.
Der FTP-User hat ja nicht unbedingt die Rechte, die Dateien in einem anderen Kontext zu lesen, schreiben usw.
Ich würde mich auf jeden Fall mit den Administratoren des System austauschen.