Hallo,
ich versuche gerade, für meine Abschlussarbeit mit GENtle ein paar Plasmidkarten zu erstellen. Nun hab ich das Problem, dass beim abspeichern als PDF oder beim Ausdrucken der Plasmide die Beschriftung der Restriktionsenzyme sehr klein ist (Plasmid-Durchmesser ist über 10 cm groß und die Beschriftung ist Schriftgröße 8-10). Gibt es eine Möglichkeit, die Beschriftung der Enzyme und evtl. auch der eingetragenen Gene zu formatieren, also größer einzustellen?
tut mir leid, mit dem Programm habe ich keine Erfahrung
Heike
hallo,
ich kenne das programm leider nicht. habe mir eben mal kurz das manual angeschaut. druckst du über -auswahl -sequenzkarte - sequenzkarte drucken aus? manchmal gibt es auch unterschiede, je nachdem mit welchem betriebssystem/ version man arbeitet, abhängig davon für was das programm entwickelt wurde. habe darüber aber keine angaben gefunden.
mein vorschlag: pfad zum ausdrucken berücksichtigen oder anderes betriebssystem ausprobieren. zum speichern kannst du auch einen screenshot (Alt Druck) machen, in powerpoint importieren und zuschneiden und dann in word(?) kopieren.
wenn ich noch weiter recherchieren soll, gib mir bescheid.
schöne grüße
Hallo,
das Plasmid per Screenshot ins Powerpoint zu kopieren ist meine aktuelle „Lösung“, allerdings wird das Plasmid im Programm sehr pixelig dargestellt (würd es natürlich lieber ordentlich darstellen in der Arbeit). Ich habe auch schon überlegt, die Karte als .pdf zu drucken, ins Powerpoint zu laden und dann mit Textfeldern nachzubearbeiten. Also einfach alle angezeigten Enzyme nochmal zu beschriften.
Ich drucke über „print map“, hab das Programm auf englisch eingestellt. Klingt aber so, als wäre das das englische „Sequenzkarte drucken“. Als Betriebssystem hab ich sowohl in der Uni als auch zuhause nur Windows XP. Aber ich hör mich mal im Freundeskreis um, ob jemand mit einem anderen Betriebssystem das für mich ausprobieren kann.
Im Handbuch hatte ich leider auch keine wirkliche Information dazu gefunden. Finde das Handbuch aber irgendwie kompliziert aufgebaut. Ich kam damit nie richtig klar und hab mir das Arbeiten mit dem Programm eigentlich nur durch rumprobieren beigebrach. Kenn
leider keine andere Freeware für diese Anwendung.
Danke für deine Tipps. Vielleicht hilft ja ein Wechsel des Betriebssystems. Ansonsten gibt es ja noch 2 Alternativen mit Powerpoint als Zwischenschritt.
hallo nuuk1984,
schade, dass es pixelig wird. habe gedacht am bildschirm wäre es „schön“, dann wäre screenshot die einfachste lösung. hier noch eine internetadresse bzw. zwei namen von weiteren freeware plasmidkarten-programmen. falls du noch zeit hast…
www.molbiosoft.de
ApE Plasmid Editor
pDRAW32
frohes schaffen!
Hallo,
ich habe noch nicht mit GENtle gearbeitet, kann daher nicht behilflich sein.
Viele Grüße
R
Dankeschön. Ob die Zeit reicht, die Plasmide nochmal in einem anderen Programm zu „zeichnen“ werde ich am Ende sehen (wenn ich sowieso ins nächste Semester muss, dann kann ich auch diese Arbeit noch machen… ansonsten wirds eher knapp). Aber für die Zukunft ist es auf jeden Fall gut, zu wissen, dass es noch andere kostenlose Programme gibt 
.
Kannst du mir evtl. noch bei einem anderen Problem helfen?
können diese Angaben stimmen ???
(pRSET-Vektoren):
bla promotor: bases 3957-4061
ampicillin (bla) resistence gene: bases 4056-4915
pUC origin: bases 3930-5866
da würde ja bedeuten, dass mitten im Origin das Resistenzgen liegt?? In der Abbildung im Handbuch liegen die Gene aber getrennt voneinander. Das ist verwirrend: http://www.mnstate.edu/provost/pRSET_Expression.pdf (z.B Seite 22) Außerdem wär es doof darzustellen, wenn das bla-Gen in der Origin-Sequenz liegt. Im moment hab ich deshalb den Origin in den Abbildungen raus gelassen.
schade, dass es pixelig wird. habe gedacht am bildschirm wäre
es „schön“, dann wäre screenshot die einfachste lösung. hier
noch eine internetadresse bzw. zwei namen von weiteren
freeware plasmidkarten-programmen. falls du noch zeit hast…ApE Plasmid Editor
pDRAW32
frohes schaffen!
hallo,
sorry für erst jetzt melden; war im stress. bin mit dem vektor nicht vetraut und auch verwirrt über die angaben. meine letzten klonierungen liegen schon etwas zurück..hatte leider nur wenig zeit zu recherchieren. vielleicht sind das angaben über die original sequenzen. sprich vom pUC origin wurden die basen 3930-5866 verwendet. das könntest du über sequenzsuche bei NCBI und dann über ein alignment mit der Vektorsequenz (download bei invitrogen) kontrollieren. hatte schon angefangen, aber mir fehlt die zeit. das ori wegzulassen in den abbildungen ist nicht so gut, denn es ist essentiell für die replikation in den bakterien bei der klonierung! wieviel zeit hast du denn noch? soll ich mich nochmal ransetzen? würde aber erst am we gehen..
schöne grüße
Kannst du mir evtl. noch bei einem anderen Problem helfen?
können diese Angaben stimmen ???
(pRSET-Vektoren):
bla promotor: bases 3957-4061
ampicillin (bla) resistence gene: bases 4056-4915
pUC origin: bases 3930-5866
da würde ja bedeuten, dass mitten im Origin das Resistenzgen
liegt?? In der Abbildung im Handbuch liegen die Gene aber
getrennt voneinander. Das ist verwirrend:
http://www.mnstate.edu/provost/pRSET_Expression.pdf (z.B Seite
22) Außerdem wär es doof darzustellen, wenn das bla-Gen in der
Origin-Sequenz liegt. Im moment hab ich deshalb den Origin in
den Abbildungen raus gelassen.
Hallo,
kein Problem, ich kenn das mit dem Stress. Ich bin dir schon sehr dankbar, dass du dir überhaupt die Mühe machst, mir zu helfen.
Also, ich habe in der Zwischenzeit den Programmierer von GENtle angeschrieben. Man kann mit GENtle die Formatierungen nicht bearbeiten, allerdings kann man sie mit einem Acrobat Writer formatieren. Alternativ hat er mir eine Website empfohlen, auf der man mit einer FASTA-Sequenz schöne Plasmidkarten erstellen kann (http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/)
Dieses Programm erkennt auch die entsprechenden Strukturen (Origin, Resistenzgen, Promotoren,…) von allein und zeichnet sie ein. Das pRSET-C-Plasmid sieht mit dem Programm so aus: http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/jsp/di…
Das ganze Plasmid ist kleiner als in der Hersteller-Angabe (was sich aber mit den Gelbildern deckt) und die Strunkturen überlagern sich nicht. Irgendwas scheint da bei den Hersteller-Angaben zu dem Plasmid nicht zu stimmen.
Ich werd nun die Plasmidkarten mit diesem PlasMapper erstellen und so in die Arbeit übernehmen, hab das heute auch schon mit meinem Professor abgesprochen. Hab nun auch etwas mehr Zeit, Ende März muss die Arbeit verteidigt sein (Ende Februar war einfach nicht schaffbar).
Nochmal vielen herzlichen Dank für die Hilfe. Wenn ich mich jemals revanchieren kann, lass es mich wissen 
