Hallo Andy,
ja, September ist klug gewählt, da sind die Temperaturen in der Regel noch badefreudig, die Preise sinken und es ist nicht mehr so viel Trubel.
An der kroatischen Adria gibt es unheimlich viele schöne alte Städte und Städtchen.
Ich erwähne nur mal ein paar sehenswerten (von oben nach unten): Pula, Porec, Opatija (auch Crkvenica -> Sandstrand)), Zadar, Trogir, Makarska, Dubrovnik…
Die schönste Insel soll Hvar sein (Orte: Jelsa, Stari Grad…), kenne es nur vom Bilder.
Zum segeln bekannt sind die Inseln Krk, Cres und Losinj (dort sah ich auch Delfine 
Losinj hat auch einen schönen Campingplatz mit Holzhütten, die man mieten kann.
Dann ist noch die Insel Rab zu erwähnen ( mit ‚Paradies-Strand‘), Korcula (einer der malerischsten Städtchen überhaupt)…die Auswahl ist groß…
Ich persönlich kann dir Insel Brac empfehlen, das Städtchen Bol (bloß kein Hotel an der Promenade buchen, ist zu laut - direkt um die Ecke ist angenehmer)
Da befindet sich auch ein sehr schöner Strand: Zlatni Rt (Goldenes Kap), besonders schön fand ich dass man dorthin mit einem Boot hin konnte, der alle halbe Std. hinfährt.
Nicht zu empfehlen sind die alten sozialistischen Hotelanlagen, es gibt aber genug Alternativen.
Geprüfte Strände (und mehr Infos) findest du hier:
http://www.kroatischeadria.de/blaue_Flagge.php
Und je nach dem WIE du hinfährst, solltest du dein Ziel aussuchen (nähe Flughafen zB oder Autofähre). Insel Lopud bei Dubrovnik ist z.B. autofrei…
Badetechnisch finde ich Istrien nicht so schön, vor allem das Wasser ist dort etwas kühler und man kann auch gehäufter Algen sehen. Dalmatien und die Kvarner Bucht sind wärmer und bunter.
Wenn du dich konkret entscheidest, kannst du hier nochmal schreiben, vielleicht fällt mir noch was ein
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Gruß,
Maja
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