Lohnsteuerklasse 6

Mein AG eröffnete eine Aussenstelle, welche an einer Uni angesiedelt ist. Um mir zusätzlich Zugang zu den Uni-Resourcen zu ermöglichen, schlug er eine 50-50 Teilung vor, also einen AV halbtags direkt vom AG und einen AV halbtags von der Uni; beides nach denselben Tarif wie zuvor mit einem AV ganztags. D.h. zwei halbtägige Arbeitsverträge und folglich einmal Lohnsteuerklasse 1 und 6 für den zweiten. Er behauptet es entstünden mir dadurch keine Nachteile, da ich mir beim Jahresausgleich die zuviel gezahlten Steuern in der LSK6 zurückholen kann. Ist dem wirklich so?

Ja, das ist wirklich so.
Allerdings müssen Sie halt eine Steuererklärung abgeben, um die zuviel gezahlte Lohnsteuer zurück zu bekommen und Sie haben den Zinsnachteil, da Sie die über das Jahr zuviel gezahlte Steuer frühestens im März des Folgejahres zurückbekommen.