Guten Abend,
sehr gerne würde ich Ihnen weiterhelfen, muß jedoch wohl leider passen. Ich kenne den Adler als in den deutschen (und auch ausländischen) Streitkräften weit verbreitetes Symbol, zudem auch als gängige Bezeichnung für Einheiten (Gruppen, Kompanien/ Staffeln etc.) oder auch für militärisches Gerät (z.B. für das US-amerikanische Strahlflugzeug F-15 „Eagle“).
Ein Kommando „Adler“ im Sinne eines Befehls (wie „Achtung!“) gibt es in der heutigen Luftwaffe (und mit sehr großer Sicherheit auch in der deutschen Luftwaffe des 2. WK) definitiv nicht. Kommandos u.ä. sind in der Formaldienstordnung einheitlich und erschöpfend geregelt, welche mir sehr gut bekannt ist. Ein Kommando „Adler“ (oder ein auch nur halbwegs ähnliches) ist dort nicht erläutert.
Eventuell ist mit „Kommando Adler“ eine für einen speziellen Einsatz (wie bspw. die Entführung Churchills) zusammengestellte Kommandoeinheit gemeint, hierzu müßten Sie dann allerdings vermutlich die Archive oder überlebende Zeitzeugen befragen. Eine reguläre Kommandoeinheit dieses Namens ist mir jedenfalls nicht bekannt.
Bei „Kommando Roter Oktober“ mußte ich unweigerlich an den entsprechenden Roman bzw. Film denken. 
Da Lenins Einreise und damit auch die Oktoberrevolution auf deutsche nachrichtendienstliche Tätigkeiten zurückzuführen sind, ist es durchaus denkbar, daß in diesen Kreisen auch ein solcher Begriff geprägt wurde. Da allerdings wohl niemand voraussehen konnte, ob oder wie (geschweige denn wann!) sich die Revolution letztlich entwickeln würde, dürfte sich dieser Ausdruck, sofern überhaupt existent, erst im Nachhinein entwickelt haben.
Militärisch ist er als Kommando allerdings ebenso wenig existent wie ein Kommando „Adler“.
Zur Glaubwürdigkeit Beuys können Sie als Kunsthistoriker sicherlich mehr sagen als ich - ich gebe allerdings zu bedenken, daß schon die allgemein verbreitete Geschichte des Absturzes, der Bergung und Rettung mithilfe der oft zitierten Filzdecken lediglich ein Konstrukt, eine schöne Anekdote ist. Von daher würde es mich persönlich nicht wundern, wenn auch diese beiden „Kommandos“ eher Beuys „künstlerischer Freiheit“ entsprungen sind.
Ich hoffe, Ihnen mit meinen Erläuterungen wenigstens etwas weitergeholfen zu haben und wünsche Ihnen noch viel Erfolg bei Ihrer weiteren Recherche!
