Schwer zu sagen, was ihn gekillt hat, zu nass, zu kalt, zu wenig Licht (ja, auch am Fenster herrscht zu wenig Licht), jeder dieser Faktoren kann Ursache sein, erst recht das Zusammenspiel aller.
Mediterrane Pflanzen brauchen extrem viel Licht und auch Bodenwärme. Sämlinge, die in der jetzigen Jahreszeit gekeimt sind, kommen ohne Zusatzbeleuchtung nicht aus, sie wachsen zu schnell (vergeilen) und sind anfällig gegen alles, was ihrer Natur zuwider läuft, wenn sie dann noch zu feucht stehen, kippen sie um und gehen ein.
Ich will dir nicht zu viel Hoffnung machen für deine anderen Pflanzen; die Tomaten können durchkommen, ich glaube es aber kaum. Es ist besser, wenn du dir im Mai von den Tomaten Setzlinge besorgst und die nach den Eisheiligen ins Freie setzst. Thymian gibt es als fertige Pflanzen in allen erdenklichen Arten zu kaufen, auch der gehört ins Freie und mit der Anzucht von Basilikum würde ich noch gut einen Monat warten, wenn du ihn nicht als fertige Pflanze kaufen und im Freien weiter kultivieren willst. Auch von Basilikum gibt es viele Arten, die als junge Pflanzen gekauft, im Freien wunderbar gedeihen können.
Gruß
Horst