Klappt nicht.
Ahoi!
Die Kurzversion: Klappt nicht.
Die lange Version:
Wir haben gerade umfangreiche Versuchsreihen hinter uns, um die Mikrowellentechnik als Pasteurisations/Sterilisationstechnik in der Lebensmittelproduktion zu etablieren.
Die urspüngliche Idde dabei war, das Mikrowellen auf Wasermoleküle wirken. Da Bakterien als einzellige Lebewesen natürlich auch zu einem großen Teil aus Wasser bestehen, lag die Vermutung nahe, das man mit Mikrowellenbestrahlung zumindest die Bakterien auf der Oberfläche von relativ trockenen Produkten zemlich schnell „abkochen“ können sollte.
Ich persönlich hab das (also nur Mikrowelle) von Anfang an für keine besonders gute Idee gehalten, da die Bakterien leider i.A. auch mittendrin stecken - und da kommt die Mikrowelle aufgrund der recht geringen Eindricngtiefe in wasserhaltigen Stoffen nun mal nicht wirklich hin.
Wie auch immer, es hat sich gezeigt, das sich die Bakterien von der Mikrowelle nicht in dem Maße beieindruckt zeigten, wie man sich das gewünscht hätte. Eine Abtötung in nennenswerten Mengen trat erst auf, als das Gesamtprodukt Temperaturen erreicht hatte, bei denen auch mit den herkömmlichen Techniken ein Abtötungseffekt auftritt. Und da sind die herkömmlichen Methoden von der Energieeffizenz her einfach besser.
Was nicht bedeuten soll, das die Mikrowellentechnologie grundsätzlich verkehrt wäre: Es bleibt ja noch das Problem der Wärmeübertragung. Bei Produkten in einer isolierenden Verpackung (Beutel mit Luft drin) ist die Mikrowelle erheblich schneller, weil sie direkt auf die Wassermoleküle im Produkt wirkt. Aber bei Produkten in einer gut wärmeleitenden Verpackung (Klassich: eingelegtes Obst/Gemüse) ist die Wärmeübertragung durch heißes Wasser/Dampf energetisch effizienter.
Abgesehen von radioaktiver Bestrahlung (damit ist harte Gammastrahlung gemeint) oder der chemischen Keule bekommt man Mikroorganismen derzeit nur mit Hitze zuverlässig kaput. Mikrowelle als Hitzeüberträger ist dabei nur in eher seltenen Fällen sinnvoll, i.A. und besonders in wässiger Lösung dürfte konventionelle Hitzeübertragung (Heißdampfinjektion oder Plattenwärmetauscher in dünner Schicht) sinnvoller sein.
Noch zwei Gundlagen, damit wir auf dem gleichen Level reden:
1.) Bakterien/Sporen bzw. Pasteurisation/Sterilisation:
Viele Bakterienarten können Sporen bilden. Das ist sozusagen die Winterschlafform. Sporen sind bedeutend zäher und können wieder „aufwachen“, wenn sich die Bedingungen verbessern.
Im Lebensmittelbereich tötet man mit einer Pasteurisation (so um die 85°C) nur die Bakterien ab, die Sporen überleben. Das ist bei Produkten, die ein Auskeimen der Sporen verhindern (speziell bei sauren Produkten wie eingelegten Gurken etc.) ausreichend. Bei anderen Produkten (beispielsweise Suppen) muss man sterilisieren (~121°C), um auch die Sporen zu knacken.
Die genauen Temperaturen und Zeiten sind von Keim zu Keim verschieden!
In der Lebensmittelindustrie wird i.A. Clostridium perfringens als klassischer Verderbnisserreger als Leitkeim benutzt.
2.) Abtötungsrate
Das alles ist leider nicht ganz so einfach, wie man sich das wünschen würde. Es gibt nicht „120°C erreicht - peng, alles Tod“.
Es gibt nur eine Abtötungsrate. Eine Erhöhung um 10°C verzehnfacht die Abtötungsrate, eine Verlängerung der Haltezeit um eine Minute verzehnfacht die Abtötungsrate. Man kann auf 99% Abtötungsrate gehen, auf 99,99% oder auf 99,9999999% - aber 100% gibt es nicht. Es bleibt immer ein Restrisiko.
Die FDA (Federal Drugs and Food Administration, amerikanische Lebensmittelbehörde) definiert komerzielle Sterilität als 10^-12 Restrisiko, d.h eine Packung von einer Milliarde darf unsteril bleiben.
Das Blöde an der Sache ist, das man für eine höhere Sicherheit teuer bezahlt: Wenn ich heisser oder länger sterilisiere, brauche ich mehr Energie, vor allem aber gehe ich auf die Qualität des Produktes. Die meisten Lebensmittel werden nun mal leider matschig, wenn man zu lange drauf rumkocht. Und Vitamine etc. finden zu hohe Temperaturen auch nicht so toll.
Also nicht gleich über die Lebensmittelproduzenten schimpfen, wenn mal eine schlechte Packung dabei ist: die versuchen nur einen fast unmöglichen Spagat zwischen Sicherheit, Qualität und Preis zu finden.
Hoffe, erhellend geleuchtet zu haben 
mabuse