Können die oben genannten „Verletzungen“ dazu führen, dass er
nicht zum Bund gehen muss?
Was würde dir irgendeine Antwort wie „ja“ oder „nein“ bringen, wenn das Musterungsergebnis ein völlig anderes ist? Um diese Frage zu klären wird er doch gemustert. Bei ersterem würde ich aber grundsätzlich mal einen Arztbesuch empfehlen, unbehandelte Knieverletzungen können einem ein Leben lang Probleme bereiten
Kann man auch verweigern? Wenn ja, wie läuft das ab?
Ja, kann man selbstverständlich, wenn man Gewissensgründe glaubhaft machen kann, die den Dienst an der Waffe unmöglich machen. Zum Thema Kriegsdienstverweigerung wird tante google dir einiges erzählen können.
Ich habe mal gehört, dass wenn man sagt man sei christlich man
nicht zur Bundeswehr muss?
Genau, und bei der Bundeswehr sind alle Agnostiker der Bundesrepublik zusammengefasst, weil Christen ja keinen Wehrdienst leisten. 
Richtig ist, dass Geistliche, Theologiestudenten und Anwärter auf kirchliche Ämter vom Wehrdienst befreit sind oder zurückgestellt werden können (vgl. §§11/12 WehrPflG).
Gibt es noch andere Gründe oder Fakten um das Aufnehmen zur
Bundeswehr zu vermeiden?
Die Allgemeine Wehrpflicht ist seine staatsbürgerliche Pflicht, Ausnahmen regelt das Wehrpflichtgesetz (sollte dein Freund mal reinschauen). „Keine Lust“ oder „meine freundin will das nicht“ begründet in keinem Fall eine Ausnahme von der Wehrpflicht.
Er ist im Moment auf Arbeitssuche. Ist das relevant bei der
Musterung?
Nein, bei der Musterung wird sein Gesundheitszustand und seine körperliche Eignung zum Wehrdienst erfasst.
Aus eigenem Interesse sollte er dann aber zusehen, dass er, sofern er tauglich ist seinen Wehrdienst oder sofern er verweigert seinen Zivildienst zügig hinter sich bringt, denn es ist immer wieder für viele, die sich nicht kümmern „überraschend“, wenn sie dann zum für sie ungünstigsten Zeitpunkt (z.B. nachdem sie gerade eine neue Arbeitsstelle bekommen haben/ein Studium begonnen haben) gezogen werden.
Gruß Andreas