was mir so spontan einfällt ist eine Batchdatei. Einfach eine *.bat Datei anlegen und zB
explorer C:\Ordner1
explorer D:\Ordner2
reinschreiben. Dadurch werden zwei WindowExplorer an den verschiedenen Stellen geöffnet.
Ob man sich die Inhalte in einem Ordner anzeigen lassen kann weiß ich nicht genau. Vielleicht geht es über NTFS-Hardlinks, die kann man mit Windowsboardmitteln aber nur sehr schwer anlegen. Musst Du mal etwas googeln.
Schönen Gruß,
bb