Oberlichter sind in der Regel so konstruiert, dass Regen oder Schnee bei nicht allzu weit geöffnetem Spalt nicht eindringen können. Das gilt natürlich - wie bei normalen Fenstern auch - nicht für starken Wind.
Meistens gibt es dafür eine Rinne.
Wenn das Haus (bzw das Oberlicht nicht älter als 30 Jahre ist, sollte eigentlich nichts passieren.
Wenn es sogar schon einen Regensensor hat, würde ich mir keine Sorgen machen.