Hi,
Dann muss es ext3 sein.
gut. Oder schlecht 
ext erlaubt so ziemlich ALLES als Zeichen (alles außer / und NUL ), auch welche, die schwer zu handhaben sind. Lustig sind z.B. Namen die NUR aus unsichtbaren Zeichen/Leerzeichen bestehen oder ein solches am Namensende haben. Dann kann man nämlich
name
und
name
nicht unterscheiden 
Bist du immer noch sicher, dass es nicht sowas ist? Werden deine Verzeichnisnamen vielleicht aus mp3-Tags erstellt welche von anderen Leuten verwendete Sonderzeichen enthalten?
Nimm doch mal so einen unsichtbaren Verzeichnisnamen her und nenne den um. Verwende im terminal mal kein TAB zum verlängern sondern schreibe den Namen so wie du ihn siehst und gibt einen neuen mit Zeichen aus a-Z. Geht das?
Es geht ja um ganze Ordner, und dass man in Ordnernamen
Leerzeichen benutzt ist nicht aussergewöhnlich, oder? 
Doch ist es. Genau wg solcher Probleme wie du sie hast. Spätestens beim mailen oder kopieren auf fremde Speichermedien gibts Ärger. Und zu welchem Vorteil? IMHO fast keinem
Zudem
wirkt sich das auf meine 450 weiteren mp3-Ordner überhaupt
nicht aus, die sind alle sichtbar, mit Leerzeichen.
Also ICH habe kein Problem mit meinem Verzeichnissen 
Aber es kann natürlich auch ein Problem von diesem Nautilus sein. Mein gwenview zeigt zB die jpgs meiner neuen Handykamera auch nicht an. Keine Ahnung warum…
VG
J~