Du musst in dem Programm, in dem Du das Logo erstellt hast, einen Freistellung-Pfad definieren, wenn Teile des Logos transparent sein sollen im Pagemaker. Einfacher ist es bei einer Vektorgrafik (z.B. aus Coreldraw): da kannst Du Motivteile transparent definieren, die dann im Pagemaker auch transparent bleiben. Logos werden übrigens fast immer als Vektor hergestellt, außer es handelt sich um bildähnliche Logos, wo es in klaren Tonflächen einfach nicht geht. Wenn nun jemand ein Logo gezeichnet hat auf Papier, das dann einscannt und es als Pixelbild lassen will, dann kommt es zu diesen Problemen wie von Dir geschildert, davon abgesehen sind Pixellogos von der Datenmenge immer viel größer als Vektorgrafiken. Ich mache es so, wenn ich z.B. ein Logo von einer Firma brauche: Ich scanne es ein, importiere es in Coreldraw, färbe es in einer blassen Farbe ein und konstruiere dann das Logo neu drüber -geht schneller als Vektorisieren, wo man auch viel nachjustieren muss.
Eventuell kann der Pagemaker 7 mit direkten Photoshop-Tiffs ohne Beschneidungspfad arbeiten, wo z.B. die Hintergrundebene weggelöscht wurde und dadurch ein Freisteller entsteht - habe ich selber aber noch nicht probiert.