Hallo Lola,
ohne es zu wissen wirst Du hier eine ziemliche Diskussion lostreten.
Zur Diskussion
Wissenschaftlich scheint nicht ganz klar, ob es so etwas wie eine „Multible Persönlichkeit“ überhaupt gibt. Für meinen Teil glaube ich das aber eher nicht.
Ich erinnere mich an die Diagnose des Kenneth Bianchi (http://de.wikipedia.org/wiki/Hillside_Stranglers#Ken…), welcher diese Störung zunächst überzeugend vorgab (und wohl auch die Macher von Zwielicht (http://de.wikipedia.org/wiki/Zwielicht_%28Film%29) angeregt haben dürfte.
Es ist schon schwer nachvollziehbar für mich, dass es innerhalb des Gedächtnisses und der Emotionen eines Menschen so stark unterschiedliche Funktionsweisen geben soll, dass sich sozusagen die Regelverschaltung und Transmitterfreisetzung innerhalb einer Dissoziation so stark ändert, dass einige Inhalte bzw. Fubktionsweisen teilweise gar nicht mehr aktivierbar bzw. abrufbar sein sollen.
D.h. dass die Basisfunktionen ausgeschaltet sind.
Etwas anderes wäre es, wenn die Basisfunktionen latent zwar präsent sind (in Form z.B. des Unterbewusstseins), aber höhere Funktionen wie Verdrängung o.ä. so stark in die basale Funktion eingreifen dass in der Konsequenz starke Dissoziationen auftreten.
Für eine MPS müsste meiner Meinung nach erstere Funktion gegeben sein (wie gesagt, halte ich für ausgeschlossen), bei zweiterem von einer Persönlichkeitsspaltung zu sprechen würde ich für verfehlt halten.
Dissoziation und (wahnhafte) Identitätsstörung ja, mehrere diskrete unterschiedliche Persönlichkeiten nein.
Zu Deiner Frage
Bei bestehender Schuldfähigkeit ist eine normale Freiheitsstrafe mit anschließender Sicherungsverwahrung meiner Meinung nach das vernünftigste.
Eine Schuldfähigkeit könnte aber bei Annahme der Existenz einer MPS ausgeschlossen sein.
Psychich kranke Menschen, von denen eine akute Gefährdung für sich und/oder andere ausgeht können auch nach PsychKG (http://de.wikipedia.org/wiki/PsychKG) untergebracht werden.
Speziell bei straftätigen Personen, die als schuldunfähig begutachtet werden, ist eine Einweisung in die Forensische Psychiatrie wahrscheinlich (http://de.wikipedia.org/wiki/Forensische_Psychiatrie), wobei ein vom Gericht angeordneter Strafregelvollzug in Frage käme (http://de.wikipedia.org/wiki/Ma%C3%9Fregelvollzug).
Da Romane nicht den Anspruch der Wissenschaftlichkeit erheben, kannst Du Dir aber für die Story eine passende Wendung aussuchen; ansonsten würdest Du Dich zunächst an der Diskussion über die Existenz der MPS beteiligen müssen… 
Lieben Gruß
Patrick