Hallo Dantis,
ich habe mal ein Jahr in Prag verbracht und hatte am Ende wohl alle Museen durch. Eine Antwort auf Deine Frage ist natürlich schwierig, da ich Eure Interessen nicht kenne.
Ich muss für mich sagen, dass ich die Prager Museen außerhalb des Burgberges nicht unbedingt sooo berauschend fand. Wenn Ihr einen vollen Tag für die Kleinseite samt Burg und das Kloster darüber verwendet, seid Ihr sicher gut bedient.
Das Nationalmuseeum überhalb des Wenzelsplatzes ist zwar riesig, aber nicht unbedingt sehenswert. Gleiches gilt aus meiner Sicht für die Nationalgalerie, aber ich bin eben kein Malereiliebhaber. Das Museum der Stadt Prag ist auch kein Muss.
Nett hingegen ist das Schloss Troja im Norden der Stadt direkt an der Moldau. Ich war vor dem Hochwasser da und weiß nicht, ob es Schäden gab. Aber das Schlösschen macht etwas her und man kann dort gut eine Stunde verbringen. Außerdem liegt es direkt neben dem Zoo, der kein Muss aber auch nicht schlecht ist. Nachteil: Man ist ziemlich lange unterwegs, da es keine Metrostation gibt.
Interessant sind die vielen kleine Galerien, die man beim Bummel durch Kleinseite, Alt- und Neustadt immer wieder findet.
Wenn Ihr nur drei Tage in Prag seid und das volle Touriprogramm wollt würde ich empfehlen:
Erster Tag Kleinseite mit Burg, Veitsdom, Kloster & Karlsbrücke (Tipp: Geht bei gutem Wetter in eine der kleinen Galerien in den Burggärten).
Zweiter Tag Altstadt, Josephsstadt und Neustadt und abends in eine der drei Opern oder wahlweise in eine Jazzkneipe.
Dritter Tag: Vielleicht morgens ins Schloss Troja und nachmittags auf den Friedhof auf dem Weinberg (Vinohrady).
Letzteres ist mein Geheimtipp: Besonders der vordere Teil des Friedhofes ist sehr sehenswert. Ich bin dort sehr oft spazieren gegangen. Die Grüfte (Gruften?) sind alle am Verfallen und ich habe selten eine so morbide Atmosphäre erlebt. Man kann dort einige Zeit zwischen den Gräbern verbringen, die zwischen alten Bäumen liegen und lernt dort viel über die deutsch-tschechische Vergangenheit. Das Areal ist riesig und wird von vielen als eine Art Park genutzt. Natürlich muss man berücksichtigen, dass der Friedhof noch in Betrieb ist, also besser nicht in kurzer Hose rumlaufen. Die Haltestelle liegt übrigens an der grünen Linie der Metro, Haltestelle Jiriho z Podebrad.
Sehr empfehlenswert ist übrigens auch ein Tagesausflug nach Kuttenberg (Kutna Hora). Das Gebeinhaus und die Silberminen sind wirklich nett gemacht, und man kann sehr gut essen. Man erreicht Kutna Hora gut mit dem Zug.
Viel Spaß und viele Grüße,
Matthias