Primer bei der PCR

Wissenschaft Biologie
#1

Hallo liebe Bio-Wissende und Interessierte,

ich stolpere grade über ein paar Begriffe bei der PCR und konnte leider auch mit Lehrbüchern und Internetsuche keine Abhilfe bei den Zweifeln schaffen - darum frag ich jetzt Euch !

Mir ist schon klar, wie die PCR funktioniert, auch, wie die Primer beschaffen sein müssen - nur die Begriffe 3’-Primer und 5’-Primer wollen mir nichts sagen. Bei „Forward-Primer“ und „Reverse Primer“ kann man es sich ja aussuchen und viele nennen den Forward-Primer den, der mit dem codierenden Strang hybridisiert - aber zu den anderen Begriffen …
JEDER Primer wird grundsätzlich an seinem 3’-Ende verlängert und setzt auch grundsätzlich am 3’-ENDE „seines“ Stranges an.
Wo man da eine Unterscheidung machen soll und kann, sehe ich überhaupt nicht.
Könnte mir höchstens vorstellen, dass man per Konvention den „oberen“ Einzelstrang auf dem Papier (!) so „legt“, dass das 5’-Ende links und das 3’-Ende rechts steht und der 3’-Primer dann der ist, der rechts am oberen Strang ansetzt und der 5’-Primer der, der links am unteren Strang ansetzt.
Das wäre meine einzige Idee, die mir aber so „wurschtelig“ und etwas blöde vorkommt, dass ich nicht recht daran glauben kann.
Aber vielleicht ist von Euch jemand schlauer.

Danke im Voraus !

Bettina

#2

Hallo Nordlicht,

keep cool!

Ich habe Bio studiert und sogar über eine PCR-Methode promoviert… aber zu meiner Schande muss ich gestehen, dass mir die Begriffe 3’-Primer und 5’-Primer noch nicht begegnet sind. Wo hast Du die her?

Ich denke Folgendes: Eine PCR benötigt 2 Primer. Wie man die beiden nennt, ist dabei Wurscht. Meist werden sie Forwad- und Reverse-Primer genannt, das ist aber letzlich genauso willkürlich, wie „Primer1“/„Primer2“, „A“/„B“ oder eben zB. „3’“/„5’“. Es gibt auch keine klare Regel, welcher Primer zB. der „Forward“-Primer ist. Das ist halt der, der beim Designen links liegt auf auf dem Blatt Papier erstmal von links nach rechts verlängert wird. Reine Willkür.

Letztenendes ist die Sequenz entscheidend, und anhand der kann man feststellen, wo und wie der Primer hybridisiert. Daher werden in entsprechenden Tabellen immer die Sequenzen mit angegeben.

LG
Jochen