Primer bei DNA Sequenzierung

Hallo!

Ich habe das Prinzip der Sequenzierung nach Sanger, sowie die PCR und Elektrophorese verstanden. Allerdings kamen mir, jetzt beim lernen, einige Fragen auf:

Für die Gelelektrophorese KANN man ja auch einen radioaktiven Primer verwenden, statt radioaktiver Basen oder Abbruchnucleotide. Der Primer ist ja bekannt und setzt sich an das 3’ Ende der zu komplementierenden Einzelstränge. Mit Hilfe der Polymerase wird dieser vervielfältigt. In der Gelelektrophorese wird doch das Radioaktive sichtbar gemacht. Ich verstehe es, wenn beispielsweise die Abbruchnukleodide durch Radioaktivität in der Gelelektrophorese sichtbar gemacht werden. Enden ja auch zufälligerweise immer an irgendeiner Stelle und ordnen sich der Größe nach an. Aber der radioaktive Primer ist doch immer gleich? Beispielsweise ist es TCA, dann wäre doch auch immer nur TCA sichtbar und nicht die komplette Sequenz? Irgendwie entgeht mir bei dem Primer etwas

Wenn mit Hilfe der Polymerase und des Primers ein Teil der DNA synthetisiert wurde und es dann abbricht, dann löst es sich doch wieder vom Strang, oder? Damit wieder neu synthetisiert werden kann. Oder habe ich, z. B. durch die PCR, so viele Primer und Einzelstränge zur Verfügung, dass es erst nach der Sequenzierung, beim zweiten Male denaturieren, sich löst? Ich tendiere ja stark zum zweiten, was solle denn sonst die zweite Denaturierung bringen? :wink: Aber ich finde einfach keine explizite Information dazu.

Wäre lieb, wenn ihr mir, vor allem für die erste Frage, eine verständliche Antwort geben könntet :wink: Danke!

Also, wenn ich das Prinzip, und die Frage, richtig verstanden habe, dann unterscheidet man damit die gewollten, an der richtigen Stelle startenden DNA-Stücke von denen, die mehr oder weniger zufällig anderswo gestartet sind. Klar, die volle Länge muss man immer noch absichern, aber dafür gibt’s ja das Gel. Und nur die „leuchtenden“ Benden der richtigen Größe werden ausgeschnitten.

Ich hoffe, das hilft.
J.

Hallo Miammiam, tut mir leid, da kenn ich mich überhaupt nicht mit aus. Weiß auch nicht, wie es zu dieser "Experten"anfrage kommen konnte. SORRY, hoffe, jemand biochemisch fachkundiger kann dir weiterhelfen!
Gruß Manti