Problem mit gcc

Computer: Software & Programmierung UNIX & Linux
#1

Hi Experten!

Ich muss für die Arbeit ein Programm namens FSL ans Laufen bringen, das leider nur unter Linux läuft.
Zu diesem Zweck habe ich eine Virtuelle Maschine innerhalb WinXP prof eingerichtet (vmware Player), in der Centos5_32 auch gut läuft.
Darin versuche ich nun mein FSL zu installieren.
Die Installation ist eine .tar.gz Datei, die man am Zielort /usr/local „unpacken“ soll und danach sollte die compilierung stattfinden.

Dabei soll man dies hier tun:

Put the following somewhere in your shell setup file (.bashrc, .profile, .cshrc etc., depending on what shell you use), replacing „/usr/local/fsl“ with a path appropriate for where you have installed FSL:

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:blush:{PATH}
export FSLDIR PATH

Das tue ich. Nach:

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh

gibt es jedoch die Meldung:

/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslmachtype.sh: line 26: gcc: command not found

Woran liegt das?
ist es ein Problem der Zugangsberechtigung? Ich habe beides ausprobiert, unter normal user und unter su.
Dass gcc fehlt, glaube ich nicht wirklich, denn ich habe ja Centos gerade neu installiert.

Kann mir jemand weiterhelfen?

Vielen Dank!
Gruss, Markus

#2

Moien

Ich muss für die Arbeit ein Programm namens FSL ans Laufen
bringen, das leider nur unter Linux läuft.

Das FSL was hier windows installer online hat ? http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html

Die Installation ist eine .tar.gz Datei

Stop. Jedes Linux (ok, fast jedes) hat ein Package System. .tar.gz benutzt man nur wenn alle Stricke reissen oder man selbst das Programm ändern möchte.

Woran liegt das?

Es ist gar kein Compiler installiert.

Dass gcc fehlt, glaube ich nicht wirklich, denn ich habe ja
Centos gerade neu installiert.

Wieso sollte CentOS totes Gewicht (also Compiler und Header) standardmässig mitschleppen ?

cu

#3

Moin!

Das FSL was hier windows installer online hat ?
http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html

Richtig!
Lustig! Bist Du etwa von Fach??

Die Installation ist eine .tar.gz Datei

Stop. Jedes Linux (ok, fast jedes) hat ein Package System.
.tar.gz benutzt man nur wenn alle Stricke reissen oder man
selbst das Programm ändern möchte.

Tja so sind halt die Anweisungen auf der site :wink:

Es ist gar kein Compiler installiert.

Im Package Manager gibt es

  • compat-libgcc-296
  • compat-libstdc+±33
  • libgcc
  • libgcj
  • libstdc++

bereits installiert.
Welchen von den vielen sonstigen compilern muss ich denn dazu istallieren?

Danke und Gruss,
Markus

#4

Nochmal moin,

Vielleicht ist mir schon geholfen, wenn mir klar wäre, was das hier bedeutet:

Put the following somewhere in your shell setup file (.bashrc,
.profile, .cshrc etc., depending on what shell you use),
replacing „/usr/local/fsl“ with a path appropriate for where
you have installed FSL:

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:blush:{PATH}
export FSLDIR PATH

Muss ich das nun irgendwo reinkopieren (und wo genau??) oder sind das Befehle von der Promt aus?

Vielen Dank und Gruss,
Markus

#5

Hallo,

Stop. Jedes Linux (ok, fast jedes) hat ein Package System.
.tar.gz benutzt man nur wenn alle Stricke reissen oder man
selbst das Programm ändern möchte.

Tja so sind halt die Anweisungen auf der site :wink:

Sind sie nicht. Hast Du nun das Quellpaket (uncompiled sources) oder
ein für Dein Linux passendes Binärpaket runtergeladen (also
vermutlich das Linux CentOS5… Paket)?

Es ist gar kein Compiler installiert.

Im Package Manager gibt es

  • compat-libgcc-296
  • compat-libstdc+±33
  • libgcc
  • libgcj
  • libstdc++

bereits installiert.

Das sind alles Bibliotheken, kein Compiler. Du brauchst aber auch
keinen Compiler, wenn Du das Binärpaket runtergeladen hast.

Gruß

Fritze

#6

Moien

Das FSL was hier windows installer online hat ?
http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html

Richtig!
Lustig! Bist Du etwa von Fach??

Nein, noch nicht mal. Aber ich rege mich gerne über solche vermurksten Installer auf.

Die Installation ist eine .tar.gz Datei

Stop. Jedes Linux (ok, fast jedes) hat ein Package System.
.tar.gz benutzt man nur wenn alle Stricke reissen oder man
selbst das Programm ändern möchte.

Tja so sind halt die Anweisungen auf der site :wink:

Die Anweisungen werden bei der angebotenen VM nicht funktionieren. Von denen kontrolliert keiner was die da zum Download freigeben. Interessiert die wahrscheinlich nicht.

Der „richtige“ Weg wäre es ein Package zum download anzubieten und das zu installieren. Das Packagesystem der meisten Linux-artigen installiert dann vollautomatisch alle benötigten Teile und kümmert sich um alle Abhängigkeiten. Die Arbeit haben sich auch schon Leute gemacht (http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/main/index.psp?sec=… ) allerdings nicht für CentOS. Wenn du einen Rechner über hast kannst du es aber gerne mit debian stable oder dem aktuellen ubuntu versuchen.

Es ist gar kein Compiler installiert.

Im Package Manager gibt es

  • compat-libgcc-296
  • compat-libstdc+±33
  • libgcc
  • libgcj
  • libstdc++

bereits installiert.

Gut, dann fehlt schonmal mindestens „cpp“. Dann fehlt wahrscheinlich auch noch ein Haufen *-dev Packages. Hau denen die VM um die Ohren. So wird das nie was. Wenn die es nicht hinbekommen eine funktionierende VM auf die Seite zu stellen dann sollen sie garnix anbieten.

cu

#7

Hallo,

Put the following somewhere in your shell setup file (.bashrc,
.profile, .cshrc etc., depending on what shell you use),
replacing „/usr/local/fsl“ with a path appropriate for where
you have installed FSL:

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:blush:{PATH}
export FSLDIR PATH

Muss ich das nun irgendwo reinkopieren (und wo genau??) oder
sind das Befehle von der Promt aus?

Das steht doch oben. Put the following somewhere in your shell
setup file (.bashrc, .profile, .cshrc etc., depending on what shell
you use) . Welche Shell nutzt denn CentOS? Oder anders: Wenn Du in
Deinem Homeverzeichnis „ls -al“ eintippst, siehst Du dann eine der
oben genannten Dateien mit dem Punkt am Anfang? Da gehört das rein.

Gruß

Fritze

#8

Hi zum dritten!

Der „richtige“ Weg wäre es ein Package zum download anzubieten
und das zu installieren. Das Packagesystem der meisten
Linux-artigen installiert dann vollautomatisch alle benötigten
Teile und kümmert sich um alle Abhängigkeiten.

Ja, genau so ist das ja. Es gibt auch einen fsl_installer.sh, der das automaisch besorgen sollte. Nur irgendwie hängt es einfach immer!

Die Arbeit
haben sich auch schon Leute gemacht
(http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/main/index.psp?sec=…
) allerdings nicht für CentOS.

Ja, die Seite habe ich auch gefunden, als ich das ganze schon mit ubuntu probiert habe.
Das Problem ist nicht der eine „Rechner über“, sondern die Daten-files von mehreren Giga Grösse, die ich bearbeiten muss. Jedesmal per USB-Stick das hin und herschieben, ist halt auch nicht die Lösung. Ubuntu lief aber auf dem VM viel langsamer und ich konnte auch die files nicht im Windows shared folder erreichen…
Deshalb nun die von fmrib vorfabrizierte VM.
Wenn nur die Installation funktionnieren würde!

Gut, dann fehlt schonmal mindestens „cpp“.

Nein, cpp ist da!

Dann fehlt
wahrscheinlich auch noch ein Haufen *-dev Packages.

Weiss nicht. Was denn zB?

Hau denen
die VM um die Ohren. So wird das nie was. Wenn die es nicht
hinbekommen eine funktionierende VM auf die Seite zu stellen
dann sollen sie garnix anbieten.

Die sind schon nicht so doof. ich suche den Fehler eher erstmal bei mir, dem Linux-Dilletanten :wink:

Danke!
Markus

#9

Hallo,

Put the following somewhere in your shell setup file (.bashrc,
.profile, .cshrc etc., depending on what shell you use),
replacing „/usr/local/fsl“ with a path appropriate for where
you have installed FSL:

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:blush:{PATH}
export FSLDIR PATH

Muss ich das nun irgendwo reinkopieren (und wo genau??) oder
sind das Befehle von der Promt aus?

Das steht doch oben. Put the following somewhere in your
shell
setup file (.bashrc, .profile, .cshrc etc., depending on what
shell
you use) . Welche Shell nutzt denn CentOS? Oder anders:
Wenn Du in
Deinem Homeverzeichnis „ls -al“ eintippst, siehst Du dann eine
der
oben genannten Dateien mit dem Punkt am Anfang? Da gehört das
rein.

Super! Das war mir nicht klar. Das habe ich nun gemacht und wenn ich die Shell öffne, kommt nun auch hier immer:

/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslmachtype.sh: line 26: gcc: command not found

…also die gleiche Meldung wie vorhin!

CU,
M.

#10

Hast Du nun das Quellpaket (uncompiled
sources) oder
ein für Dein Linux passendes Binärpaket runtergeladen (also
vermutlich das Linux CentOS5… Paket)?

Ja, die „precompiled binary distribution“ für Centos5_32

Danke,
Markus

#11

Start-> Ausführen-> cmd-> markus

Der Befehl „markus“ ist entweder falsch geschrieben oder
konnte nicht gefunden werden.

Oha!

/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslmachtype.sh: line 26: gcc:
command not found

Hmmm…
Schorsch

#12

Hallo,

Super! Das war mir nicht klar. Das habe ich nun gemacht und
wenn ich die Shell öffne, kommt nun auch hier immer:

/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslmachtype.sh: line 26: gcc:
command not found

Ich frage mich, wozu eine Binärdistribution den gcc (das ist der Befehlsaufruf für die GNU Compiler Collection) braucht. Offenbar gibt es auf Deinem System entweder keinen gcc, oder aber der angegebene Pfad stimmt nicht. Kannst Du mal den Inhalt dieser „fslmachtype.sh“ und der „fsl.sh“ unter

http://pastebin.com/ mit Syntaxhighlighting „bash“

posten und hier die Links angeben? Vielleicht können wir Dir dann konkreter weiterhelfen.

Gruß

Fritze

#13

Ich frage mich, wozu eine Binärdistribution den gcc (das ist
der Befehlsaufruf für die GNU Compiler Collection) braucht.
Offenbar gibt es auf Deinem System entweder keinen gcc, oder
aber der angegebene Pfad stimmt nicht. Kannst Du mal den
Inhalt dieser „fslmachtype.sh“ und der „fsl.sh“ unter

http://pastebin.com/ mit Syntaxhighlighting „bash“

posten und hier die Links angeben? Vielleicht können wir Dir
dann konkreter weiterhelfen.

Ach, wofür. Es geht um Magnetresonanzdarstellung des Gehirns http://www.fmrib.ox.ac.uk/

http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/compiling.html erläutert die Installation, vergisst aber zu erwähnen, dass you will require: GCC C/C++ compiler (versions from gcc-3.4 to gcc-4.1 seem to work fine in general).

Daran scheitert Open Source. Zurecht!

Stromberg

#14

Schorsch!
den versteh ich nicht!
Gute Nacht!
M.

[Bei dieser Antwort wurde das Vollzitat nachträglich automatisiert entfernt]

#15

Hallo,

Super! Das war mir nicht klar. Das habe ich nun gemacht und
wenn ich die Shell öffne, kommt nun auch hier immer:

/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslmachtype.sh: line 26: gcc:
command not found

Ich frage mich, wozu eine Binärdistribution den gcc (das ist
der Befehlsaufruf für die GNU Compiler Collection) braucht.
Offenbar gibt es auf Deinem System entweder keinen gcc, oder
aber der angegebene Pfad stimmt nicht. Kannst Du mal den
Inhalt dieser „fslmachtype.sh“ und der „fsl.sh“ unter

http://pastebin.com/ mit Syntaxhighlighting „bash“

posten und hier die Links angeben? Vielleicht können wir Dir
dann konkreter weiterhelfen.

Cool! das kannte ich auch nicht!
Also: Ist gemacht!

#16

den versteh ich nicht!

Das ist auch sehr schwer zu verstehen. Die Fehlermeldung behauptet, dass es das Programm gcc auf deinem Rechner nicht gäbe. Nun, das Programm gibt es dort auch nicht.

Du diagnostizierst das Gegenteil, das ist dein Problem.

Schorsch

#17

/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslmachtype.sh: line 26: gcc:
command not found

Woran liegt das?

Das Skript fslmachtype.sh, das sich im Verzeichnis
/usr/local/fsl/etc/fslconf befindet, kann in Zeile 26 das Programm
gcc nicht finden.

Gibt im Terminal am prompt den Befehl gcc ein - was passiert?

ist es ein Problem der Zugangsberechtigung?

Nein, dann wäre die Meldung eine andere.

Dass gcc fehlt, glaube ich nicht wirklich, denn ich habe ja
Centos gerade neu installiert.

Ich glaub schon, dass der fehlt. Oder aber der Pfad zu gcc ist nicht
bekannt - eher ungewöhnlich oder das Skript fslmachtype.sh verbiegt ihn.

Kann mir jemand weiterhelfen?

Leider nicht,
Stefan

#18

Hallo!
Bist du verärgert? Warum?
Gerade WEIL es mein Problem ist poste ich doch hier! Was bringt mir denn Deine Antwort?

Ich habe doch klar aufgelistet, was mir der Package manager an installiertem gcc ausgibt. Sag mir doch einfach, was ich zusätzlich installieren soll.

Dass Du grundsätzlich mit Open source unzufrieden bist, dafür kann ich nichts. Ich habe auch nicht erfunden, dass FSL unter Linux laufen muss…
Schönen Tag,
Markus

[Bei dieser Antwort wurde das Vollzitat nachträglich automatisiert entfernt]

#19

Sorry, wenn ich mich einmische - aber klär doch erstmal, ob der gcc da ist und welche Version. Egal, wofür er nun gebraucht wird.
Also

which gcc
whereis gcc
gcc --version

oder ähnliches, wie find.
Und dann schauen wir mal weiter.

  • m.
#20

Moien

Also: Ist gemacht!

Auf Pastebin liegen etwa 5000000 Texte. Welcher davon ist deiner ?

cu