Bei der Auswertung meiner AFLPs erhielt ich lediglich Peaks/Banden im Bereich sehr kleiner DNA-Fragmente. Von den größeren DNA-Framenten waren nur sehr wenige und untypische zu sehen. Beim Vergleich der Protokolle stellte ich dann fest, dass ich für die RESTRIKTION das 5-fache an Eco- und Mse-Enzymen verwendet hatte (50u statt 10u). Kann das der Fehler sein, oder liegt es doch eher an der Template-DNA?
Beim Vergleich der Protokolle stellte ich dann fest,
dass ich für die RESTRIKTION das 5-fache an Eco- und
Mse-Enzymen verwendet hatte (50u statt 10u). Kann das der
Fehler sein
Ja. Wenn Restriktionsenzyme nichts zu tun haben, weil bereits alle Erkennungssequenzen gespalten wurden, dann fangen sie vor lauter langer Weile an die DNS unspezifisch zu zerbeißen.
Du meinst sicher R FLPs für
R estriktions- F ragment L ängen P olymorphismen.
Beim Vergleich der Protokolle stellte ich dann fest,
dass ich für die RESTRIKTION das 5-fache an Eco- und
Mse-Enzymen verwendet hatte (50u statt 10u). Kann das der
Fehler sein
Ja. Restriktionsenzyme haben immer auch unspezifische
Aktivitäten. In zu hoher Menge oder auch bei falscher
Pufferzusammensetzung werden sie zunehmend
(sequenz-)unspezifisch.
LG
Jochen
Du meinst sicher R FLPs für
R estriktions- F ragment L ängen P olymorphismen.
Hi Jo,
nein, AFLP ist schon richtig: Amplified Fragment Length Polymorphisms ( http://www.keygene.com/techs-apps/index.htm , Vos et al. 1995, NAR).
In der Pflanzengenomanalyse wird diese Technik etwa seit 1996 sehr verbreitet angewendet.
Viele Grüße
Eva
Hab ich ganz vergessen - die gibt’s ja auch noch.
Danke und lieben Gruß
Jochen
Danke!
Hab auch nochmal etwas nachgelesen: die verwendeten Restriktionsenzyme können tatsächlich unter bestimmten Voraussetzungen (Konzentration, Puffer) eine „Star-Aktivität“ ausbilden.
Dann hoff ich mal, dass es daran lag…
Grüße
Fanni