Hallo,
im Voraus: ich finde nichts im Internet und nicht in Büchern, vermutlich, weil das alles mittlerweile per Datenbanken läuft.
Es geht umd „Protein identification by peptide sequencing“ über tandem ms.
Gegeben ist mir ein Spektrum und die Info, dass mein zweifach geladener Precursor bei 612.89 m/z liegt. Die Peaks/Linien sind auch mit den exakten m/z Werten gekennzeichnet.
Dazu bekomme ich eine Liste mit Aminosäuren und deren monoisotopischer Masse. Nun soll ich die Sequenz soweit möglich herausfinden.
Ich weiß, dass ich links anfange (also geringste m/z Werte dass ich somit mit dem C-Terminus anfange). Ab der 2. Aminosäure habe ich die Sequenz auch immer richtig.
Nun zu meinen Problemen:
a) Der erste (von links) Wert beträgt hier 175.13 m/z und ich weiß nicht, ob da der COOH-Rest mit drin ist oder nicht und welche AS das sein soll, es passt zu keiner in der Liste? Ist das eine posttranslational modifizierte? Wie finde ich das raus?
b) Mich verwirrt leider auch die Tatsache, dass natürlich das Backbone verschieden gebrochen werden kann und die verschiedenen Ionen entstehen können (y, b, x etc). Ich weiß wie sie aussehen, aber was ich mit dem Wissen im Bezug auf einen Wert anfangen soll? Dass eventuell ein H mehr dabei ist?
c) was sagt mir die Info über mein Vorläuferion aus?
Bei einer Bsp-Rechnung hatte jemand gesagt, dass was nicht passen würde, und die Dozentin hat ganz erschrocken gemurmelt, das sei „wahrscheinlich eine methylierte AS“ (vergessen welche, leider lange her). Somit glaube ich, dass es in der Klausur ein simples Beispiel wird, dennoch möchte ich alles verstehen und selbst rechnen können. Ich glaube mittlerweile jedes Dokument im Internet zu kennen, finde leider nichts hilfreiches, dass mir zeigt, wie ich anfange bei der Analyse.
Ich sage euch schonmal danke im Voraus, bin über jeden Denkanstoß/Link/wasauchimmer dankbar!
Danke!